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(無題) 削除/引用 No.8888-5 - 2020/06/05 (金) 16:37:56 - syoshinsya asan様 確かにクローニングは手間がかかりますけどいい方法ですね。 タンパク質の有無はもちろん確認しようと思っています。 参考にさせていただきます。ありがとうございました。 おお様　AA様 読めないこともないのですね、、 ひとまず最初は根気出して読んでみようと思います。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.8888-4 - 2020/06/04 (木) 19:29:06 - AA 波形がきれいでかつ3アリル以上のモザイクではなければ根気だせば読めます。 ただし、モザイクになった段階で厳しくなると思います。 一応下記のような支援アルゴリズムもあります。 ttps://tide.nki.nl/

(無題) 削除/引用 No.8888-3 - 2020/06/04 (木) 19:20:00 - おお 変異その１：AAATGGGCCC 変異その２：AAGCCC 右から読むとAAの後で変異が少なくとも一方に入っている事が分かるので、AAの次がどの塩基が混じっているか、それで混じっている塩基のうち変異が入ってない塩基があるのかなど見ていって、反対側から読んで同様に見ていけば何とか分かりそうだが。ま、綺麗な波形データーが出せるなら。

(無題) 削除/引用 No.8888-2 - 2020/06/04 (木) 18:46:57 - asan TAクローニングをして複数コロニーを読む。 本気でやるならdeepシーケンスをするしかない。 そもそもがん細胞は遺伝子が2コピー出ない場合も多いので、あくまでindelで議論するならばタンパク量の有無か、large deletionでtargetingしてごっそり抜けてることを示さないと結論はつかないと思います。

両アレルに変異が入った時のシーケンス解析について 削除/引用 No.8888-1 - 2020/06/04 (木) 18:14:24 - syoshinsya CRISPR/Cas9で、培養細胞でとある遺伝子をノックアウトしようとしています。 最終的にシングルクローン化して配列を読みどのような変異が入ったのかを確認したいのですが、両アレルに異なる変異が入った場合は通常のシーケンス解析ではしっちゃかめっちゃかになって読めないかと思うのです。みなさんどのように配列を決定しているのでしょうか。 例えば以下のような変異が入った場合です。 通常の配列：AAATTTGGGCCC 変異その１：AAATGGGCCC 変異その２：AAGCCC 片アレル変異なら、シーケンスの波形から通常の配列ではない方の波形を読めば配列が特定できると思います。 異なる変異が両側に入った時の解析方法を教えて欲しいです。

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