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最も遺伝子配列の短い蛍光遺伝子とプロモーターの組み合わせ トピック削除
No.8938-TOPIC - 2020/06/19 (金) 05:41:21 - とんぼ
最も遺伝子長の短い蛍光遺伝子とプロモーターの組み合わせはなんですか?
GFPはアミノ酸だけで250aaほどですが、RFP等もほぼ同じ長さのようです。
 
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No.8938-6 - 2020/06/20 (土) 07:01:06 - とんぼ
ありがとうございます。TKプロモーターは目を付けていて、146bpだったのですが、発現量が中程度までという記述があり、他と組み合わせている方もいそうでして悩んでいました。EF1aのコアは初めて知りました。216bpということですが、これも他と組み合わせている方がいそうですね。両者ともに少し勉強する必要がありそうです。

おおさんのReAshという方法は初めて知りました。これは目からうろこです。当然内在性の配列には反応しないんだと解釈していますが、いずれにしてもこれ以上短い配列というのはなさそうですね。これがあるとTKとReAshの複数リピートでなんとか対応できるのかなとも思ってきましたが、知らないことが多いので、もう少し考えることがありそうです。

TKプロモーターはこんなに短くても恒常発現が見込めるのか心配になります。

(無題) 削除/引用
No.8938-5 - 2020/06/20 (土) 04:55:50 - おお
miRFP670nano 17kDa
nature.com/articles/s41467-018-08050-8

smURFP 14-15kDa?
fpbase.org/protein/smurfp/

ちょっと発想をかえてFlAsH and ReAsH
thermofisher.com/us/en/home/life-science/cell-analysis/cellular-imaging/high-content-screening/flash-and-reash.html

(無題) 削除/引用
No.8938-4 - 2020/06/19 (金) 14:11:40 - 確か
GFPにミニチュアバージョンがあったはず。

(無題) 削除/引用
No.8938-3 - 2020/06/19 (金) 10:54:41 - mp
ウナギ蛍光蛋白UnaGはどうでしょう。EGFPに比べ3割ほど短い。
ビリルビンが発光に必要ですが、培養細胞では問題ないようです。
プロモーターはTKとかEF core promoterなどでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.8938-2 - 2020/06/19 (金) 07:38:59 - 真琴
mFAPs, GFPの半分くらいの大きさですね。明るくないようですけど。
https://www.bakerlab.org/wp-content/uploads/2018/09/Dou_etal_beta-betas.pdf

最も遺伝子配列の短い蛍光遺伝子とプロモーターの組み合わせ 削除/引用
No.8938-1 - 2020/06/19 (金) 05:41:21 - とんぼ
最も遺伝子長の短い蛍光遺伝子とプロモーターの組み合わせはなんですか?
GFPはアミノ酸だけで250aaほどですが、RFP等もほぼ同じ長さのようです。

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