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WBのバンドの歪み トピック削除
No.8955-TOPIC - 2020/06/25 (木) 12:34:56 - 坂東
WBで目的タンパクのバンドを検出した時、バンドひとつひとつがスマイリングのように曲がってしまう時があるのですが、原因は何でしょうか?
アプライしたタンパク量が多すぎるのでしょうか?
 
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No.8955-4 - 2020/06/26 (金) 10:54:56 - おお
>他の物質で重み付けする(ショ糖とか尿素とか?)

じつは尿素は経験があるのですが、グリセロールよりひどいです。。。

えっと質問に関しては、共雑物、バッファーで影響を受けます。最近は蛋白用のサンプルバッファーは3Xとか5Xとか言うのが多いので、共雑物の持ち込みが多くなっている傾向があるでしょう。

またよくあるのはDNAがねんちょうなのでニードルなどで粘性を落としたりする事がありますが、個人的な感触ではなるべくDNAが出てこないLysis方法のほうが綺麗な気がしています。

目的のタンパクの位置に他のタンパクが大量にあったりするとその蛋白のためバンドの真ん中が押しやられて位置関係によってか上か下にへこんだようなバンドになったりもします。

(無題) 削除/引用
No.8955-3 - 2020/06/26 (金) 10:06:03 - 坂東
詳しく教えていただきありがとうございました。
メニスカス…初めて知りました。
具体的な対処法についても教えていただきありがとうございます。

サンプルのタンパク濃度的に、アプライするボリュームはもう少し抑えられそうなので、まずは、アプライ量を減らしてみます。

>>すぐに通電せず、しばらく放置してサンプルをウェル内で拡散

これまで、サンプルが拡散しないように、むしろアプライ後は急いで通電していたのですが、拡散させるというコツもあるのですね。
サンプル数が多いと、始めにアプライしたサンプルが、ウェル内というか、ウェルの壁を形成するゲル部分にじんわりと広がってしまうのですが、これは問題ないのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.8955-2 - 2020/06/25 (木) 18:01:42 - G25
サンプルをアプライしたときにできるメニスカスのせいかもしれません。
アプライした後、サンプルがウェルの壁に沿って立ち上がるようになって、両端が高く中央が低いU字型になっていないでしょうか。
これがあんまりひどいと、両端がオーバーロード気味になって泳動した後のバンドパターンにも影響します(U字型のバンド)。

・サンプルのボリュームを抑えて、深いメニスカスが出来ないようにする。
・グリセロールで重み付けしてあるサンプルバッファーだと粘性が高くてメニスカスが深くなりやすい。他の物質で重み付けする(ショ糖とか尿素とか?)か、グリセロール濃度を下げてみる。
・サンプルをアプライし終わってからすぐに通電せず、しばらく放置してサンプルをウェル内で拡散させてから通電する。

WBのバンドの歪み 削除/引用
No.8955-1 - 2020/06/25 (木) 12:34:56 - 坂東
WBで目的タンパクのバンドを検出した時、バンドひとつひとつがスマイリングのように曲がってしまう時があるのですが、原因は何でしょうか?
アプライしたタンパク量が多すぎるのでしょうか?

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