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まずはいろいろ試してみます 削除/引用 No.8987-14 - 2020/07/12 (日) 02:35:54 - SKS いろいろなアイデアを知れてとても参考になりました。今後はひとまず、ビオチン-ストレプトアビジン相互作用を介さず、シランカップリング剤、架橋剤、末端修飾プローブで固定してみる方法を試してみようと思います。コメントしていただいた方々、本当にありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.8987-13 - 2020/07/08 (水) 10:54:42 - としお DNAは塩基だから、求核性を利用した固定化は出来ないから悩むよね。 ポリT（チミン）なら例外だけど。 （出来たつもりで実験してる論文はあるけどね） だから、AffimetrixやAgilentはin situ synthesisを使わなきゃダメだと気がついたわけです。 Siにシランカップリング剤でアミノ基を導入してからアミノカップリング法でストレプトアビジンを固定する。そこにビオチン化ssDNAを作用させるのが現実的でしょう。

(無題) 削除/引用 No.8987-12 - 2020/07/08 (水) 04:57:49 - おお https://www.nanonet.go.jp/magazine/archive/?page=1308.html これも違う方法論かな

(無題) 削除/引用 No.8987-11 - 2020/07/08 (水) 04:50:55 - おお またでてきた。 https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2014/tb/c4tb01108b/unauth#!divAbstract すでに調査していたのならすいません。

(無題) 削除/引用 No.8987-10 - 2020/07/08 (水) 04:37:44 - おお https://www.researchgate.net/figure/DNA-immobilization-on-the-probe-a-Process-for-immobilizing-the-DNA-on-the-surface-of_fig1_319231988 ついでに

(無題) 削除/引用 No.8987-9 - 2020/07/08 (水) 04:32:26 - おお https://www.researchgate.net/figure/Illustration-of-DNA-immobilization-and-DNA-DNA-hybridization-on-the-SiNW-surface_fig4_231088763 こんなのもあるね

(無題) 削除/引用 No.8987-8 - 2020/07/08 (水) 04:27:32 - おお こんなのとか https://www.researchgate.net/figure/APS-mica-preparation-a-Scheme-for-synthesis-of-1-3-aminopropylsilatrane-APS-III_fig8_231741684 こんなのとか https://www.researchgate.net/figure/Scheme-for-the-reaction-of-APTES-with-mica-APTES-reacts-with-hydroxyl-groups-on-the-mica_fig7_231741684 だめかな？ -NH2が導入されれば、DNA末端にーSHかーCOOHを導入しておけばBifunctional crosslinkerで固定できるし。

(無題) 削除/引用 No.8987-7 - 2020/07/07 (火) 20:20:34 - G25 今でこそAffimetrixやAgilentのようにin situ synthesisで作る高密度DNAアレイが主流になっているけど、それ以前は別途合成したオリゴを基板に貼り付けていたのだし、目的によっては、こういう作り方はまだ使われているはず。

(無題) 削除/引用 No.8987-6 - 2020/07/07 (火) 19:37:05 - G25 何もマイクロアレイを外注したら良いということは言っていないのだが。 そういう分野で使われている、オリゴを基板に固定化する手法やケミストリーの中に応用可能なものがないかどうかは検討したのだろうか、検討の価値はないのだろうか、という、素朴な所感。

(無題) 削除/引用 No.8987-5 - 2020/07/07 (火) 18:35:27 - SKS 実験に用いる基板のサイズや材質が決まっていて、固定化するプローブの種類も一つなので,コスト的にもDNAマイクロアレイを外注するのではなく、固定化を研究室で用いている基板で再現できるようなプロトコルを考えようと思いました。作製する機械もないので実験の度に調製してコートすることをしていく予定です。

(無題) 削除/引用 No.8987-4 - 2020/07/07 (火) 18:12:35 - G25 DNAマイクロアレイ作製の技術の延長では実施不可能なことなのだろうか。であればその差別はどういった点であるか？ DNAマイクロアレイだってSi（あるいはガラス）基板にDNA鎖を植えるわけだが。

(無題) 削除/引用 No.8987-3 - 2020/07/07 (火) 18:08:01 - SKS 固定化後に標的DNAをハイブリダイズさせ、局所位置に電極を用いる操作をする予定でした。そのため金基板を使ったDNAシーケンシングだと基板全体が電極になってしまうと考え、Si基板への固定化が必要だと考えました。ハイブリダイズさせる相補的な配列は決まっているので、DNA配列の検出が目的ではないです。原理は近いと思いますが、用途が異なると思います。

(無題) 削除/引用 No.8987-2 - 2020/07/07 (火) 17:51:23 - G25 DNAマイクロアレイや表面プラズモン共鳴のセンサーチップを作成する技法の一種に近いと思うが、そういったものとの差別はあるだろうか？

プローブDNAの基板表面への固定化について 削除/引用 No.8987-1 - 2020/07/07 (火) 17:17:17 - SKS いつも参考にさせていただいています。バイオ実験初心者です。 私は現在、DNAを蛍光顕微鏡で観察する前処理として,「Si基板表面にDNAを固定化する」方法を模索しています。実験の都合上、固定用基板に金を用いることができず、金-チオール結合以外の方法で固定化する方法を考えています。また、静電相互作用的に固定させることも避けたいと考えています。これまでタンパク質や表面化学修飾について検討しており "ビオチン化したプローブDNAとストレプトアビジンとの相互作用" と "シランカップリング剤を用いた基板表面のカルボキシ基、ストレプトアビジンのアミノ基とのアミド結合" を組み合わせて表面に固定化できないかと考えたのですが、固定化までのステップだけでとても複雑化していて、より簡易的な方法でDNAをSi基板表面に修飾する方法、もしくはその手掛かりになる情報ございましたら教えていただけるとありがたいです。 なお、プローブDNAは12merで受託合成したもらう予定で、末端修飾はビオチン以外も検討中です。なるべく基板とDNAは共有結合的に固定化させたいと考えています。 素人質問で恐縮ですが何卒よろしくお願いします。

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