Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

遺伝子のサイズと変異頻度の関係 トピック削除
No.9005-TOPIC - 2020/07/12 (日) 14:31:45 - passenger
お世話になります。

マウス 腫瘍サンプルで同定した変異遺伝子のヒトにおける変異頻度を、同じ癌腫のTCGAデータで調べたところ、すべての遺伝子がヒトでも変異している事がわかりました。

TCGAデータセットは500以上のサンプルを含み、 変異が見られた遺伝子は17,000以上あります。よって、マウスで同定された変異遺伝子(50個弱)がすべて、ヒトで変異していても 不思議はありません。17,000以上なので、そのほとんどはpassengerと思われ、マウスで変異が見られた50個弱の遺伝子もほとんどがpassengerと思われます。

SIFTやpolyphenを使ったアミノ酸レベルでの機能変化予測ではなく、実際のデータからpassenger変異 を推定できないかとの素人考えで、TCGAでの変異頻度と遺伝子サイズの相関を調べたところ、 これら50個弱の遺伝子においては、 かなり強い正の相関(R=0.86)がある事がわかりました。

Driver変異の場合、遺伝子サイズに関わらずホットスポットへの集積が予想されます。一方passengerの場合は遺伝子が大きいほどランダムな変異を獲得する頻度が高くなるのではと推測しているのですが、 その裏付けとなるエビデンスをうまく探せません。そこで、2点質問させて下さい。

(1)ヒトのがんサンプルで、遺伝子サイズと変異頻度の相関をゲノムワイドで調べた論文など、ご存知なら教えてもらえませんでしょうか? 探し方が悪いのか、自分では見つけられません。
(2)ヒト全遺伝子について、そのサイズ情報を一括してダウンロードできるようなデータベースをご存知でしたら教えてもらえませんでしょうか? 50遺伝子ならマニュアルでできますが、17,000となるとつらいです。

よろしくお願いします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



1件 ( 1 〜 1 )  前 | 次  1/ 1. /1


遺伝子のサイズと変異頻度の関係 削除/引用
No.9005-1 - 2020/07/12 (日) 14:31:45 - passenger
お世話になります。

マウス 腫瘍サンプルで同定した変異遺伝子のヒトにおける変異頻度を、同じ癌腫のTCGAデータで調べたところ、すべての遺伝子がヒトでも変異している事がわかりました。

TCGAデータセットは500以上のサンプルを含み、 変異が見られた遺伝子は17,000以上あります。よって、マウスで同定された変異遺伝子(50個弱)がすべて、ヒトで変異していても 不思議はありません。17,000以上なので、そのほとんどはpassengerと思われ、マウスで変異が見られた50個弱の遺伝子もほとんどがpassengerと思われます。

SIFTやpolyphenを使ったアミノ酸レベルでの機能変化予測ではなく、実際のデータからpassenger変異 を推定できないかとの素人考えで、TCGAでの変異頻度と遺伝子サイズの相関を調べたところ、 これら50個弱の遺伝子においては、 かなり強い正の相関(R=0.86)がある事がわかりました。

Driver変異の場合、遺伝子サイズに関わらずホットスポットへの集積が予想されます。一方passengerの場合は遺伝子が大きいほどランダムな変異を獲得する頻度が高くなるのではと推測しているのですが、 その裏付けとなるエビデンスをうまく探せません。そこで、2点質問させて下さい。

(1)ヒトのがんサンプルで、遺伝子サイズと変異頻度の相関をゲノムワイドで調べた論文など、ご存知なら教えてもらえませんでしょうか? 探し方が悪いのか、自分では見つけられません。
(2)ヒト全遺伝子について、そのサイズ情報を一括してダウンロードできるようなデータベースをご存知でしたら教えてもらえませんでしょうか? 50遺伝子ならマニュアルでできますが、17,000となるとつらいです。

よろしくお願いします。

1件 ( 1 〜 1 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。