Bio Technical フォーラム

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GCリッチな配列について トピック削除
No.903-TOPIC - 2012/09/06 (木) 23:35:21 - 準
こんにちは。

PCRの際にプライマーをGCリッチにすると増幅されにくいと言われますが、GCが多ければ多いほどTm値が上がるため、高温でアニーリングさせればよいだけではないかと思うのですが、なぜ増幅されにくいといわれているのでしょうか?
また、プライマーの配列をすべてGCにすると歪みが生じてアニーリングしづらくなるという話を聞いたこともあるのですが、これは本当でしょうか?

宜しくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.903-3 - 2012/09/08 (土) 20:39:11 - 準
なるほど。ポリメラーゼが原因ですか。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.903-2 - 2012/09/07 (金) 00:33:01 - おお
プライマーのぶぶんだとアニーリング温度は上げることはおおいでしょう。CGがん量がふえると配列が単純化してくるので特異性が低くなってきます。どうじにプライマーダイマーもできやすくなりますね。またテンプレートのGCがんりょうの多い部分は結合が強くなかなか一本鎖に解離しないためそこでポリメラーゼが進みにくくなります。

GCリッチな配列について 削除/引用
No.903-1 - 2012/09/06 (木) 23:35:21 - 準
こんにちは。

PCRの際にプライマーをGCリッチにすると増幅されにくいと言われますが、GCが多ければ多いほどTm値が上がるため、高温でアニーリングさせればよいだけではないかと思うのですが、なぜ増幅されにくいといわれているのでしょうか?
また、プライマーの配列をすべてGCにすると歪みが生じてアニーリングしづらくなるという話を聞いたこともあるのですが、これは本当でしょうか?

宜しくお願いします。

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