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アガロース電気泳動時のゲルのpH勾配について トピック削除
No.9045-TOPIC - 2020/07/29 (水) 20:05:39 - 生化学一筋
ふと疑問に思ったのですが、一般的なDNA電気泳動をしている時、アガロースゲル内にはpH勾配が発生しているのでしょうか。どなたか、なにか知見をお持ちでしたらご教示ください。
 
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No.9045-8 - 2020/07/30 (木) 14:35:21 - G25
分子ふるいですから、
分画範囲の下限以下の大きさの物質すべてにとってスカスカです。
DNAですら、ある程度の大きさ以下だとゲルがないものに等しい。

(無題) 削除/引用
No.9045-7 - 2020/07/30 (木) 14:14:36 - 生化学一筋
バッファーで拡散によって勾配が出来ないのは直感的にも納得できるのですが、
泳動に使う個体のアガーの中ではどうなのか、に強い疑問を抱いています。
気にしなくてもよいほど、イオンレベルだとスカスカと考えてよいのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.9045-6 - 2020/07/30 (木) 13:54:19 - G25
電気泳動で分極は起こります。
バッファー能の低い系や装置の構造、あるいは電流電圧の大きさによっては、泳動のときにバッファーのサーキュレーションやステアリングを施すことからもわかります。それをしないと、それこそBPBの変色を見ます。

通常は、プロトンの濃度勾配が出来てもイオンの自由拡散によって勾配が解消されます。仮に電流をうんと上げて自由拡散より分極のほうが速くなれば、プロトンの濃度差が顕在化することになるでしょう。サーキュレーションは自由拡散では間に合わないからするわけです(発熱対策という意味もありますが)。

等電点電気泳動では固相化され自由拡散しないアンフォライトがイオン担体になっているからpH勾配が保たれるわけで。

(無題) 削除/引用
No.9045-5 - 2020/07/30 (木) 12:36:56 - TK-1
ある程度はTrisで緩衝されるんじゃないですか。

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No.9045-4 - 2020/07/30 (木) 12:07:22 - 生化学一筋
回答ありがとうございます。実験をしていて単純に疑問に思ったのですが、DNAやタンパク質(SDS-PAGE)が電気的に引き寄せられているのであれば、H+も同じように移動するのでは?(=アガロースゲル中でプロトン勾配ができていてもよいのでは?)と思った次第です。確かにBPBもpKaが3くらいなので、pH勾配ができていれば変色するはずですが、変色していないので、どうなっているのだろうと疑問に思いました。その過程で等電点電気泳動では試薬を用いてpH勾配を作ることを見つけました。あらかじめ作ったpH勾配が電気泳動中に変化しないということは電気泳動中にゲル内部でpH変化はないということでしょうか?

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No.9045-3 - 2020/07/30 (木) 11:51:48 - G25
だとしたらBPBが移動につれて変色しそう。

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No.9045-2 - 2020/07/30 (木) 00:51:01 - dfyぐぉじcfvgy
pH勾配を作るにはいくつか試薬が必要なのですが、どのような理由でそのような着想に至ったのか教えてください。

アガロース電気泳動時のゲルのpH勾配について 削除/引用
No.9045-1 - 2020/07/29 (水) 20:05:39 - 生化学一筋
ふと疑問に思ったのですが、一般的なDNA電気泳動をしている時、アガロースゲル内にはpH勾配が発生しているのでしょうか。どなたか、なにか知見をお持ちでしたらご教示ください。

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