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マイクロRNAの標的が前駆体だった場合 トピック削除
No.9100-TOPIC - 2020/08/24 (月) 17:39:21 - sa
お世話になっております。マイクロRNAと癌の関係を解析する実験を行っております。ある癌に対し、発現差のあるマイクロRNAを同定しており、その標的遺伝子をターゲット予測サイト検索した所、癌に関係の深い遺伝子を見つけました。しかしながら、サイトに記載のTranscription番号をたどってみるとgenbankでisoform precursorと記載されておりました。私の認識ではmicroRNAとmRNAは核外で成熟したmiRNAないしmRNAとなり、そこで結合し翻訳の阻害をするものと思っておりましたので、このままアッセイを計画すべきか悩んでおります。皆様のお考えなどご教示頂ければ幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.9100-3 - 2020/08/24 (月) 23:56:44 - おお
書いている内容は不明瞭なんだけど、いろいろな可能性は考えてみてもいいんじゃないかな。
むかしsiRNAで核内のRNAをKDしてたりしたのを見たことがあるし。
核内のlncRNAがmiRNAと結合するという話もあるみたいだし。

また、迷ったら実験してみるのも手。miRNA配列を使ってプルダウンしてターゲットを見るという実験もあったんじゃないかな。そういうの使うとあなたの結果からの候補のスクリーニング、バリデーションになるだろうし。

教科書に書いていることは、そういうことがわかっているって言うこと。それ以外のことは(否定的な実験結果がない限り)起こっているけど示されてない可能性があると思ったほうがいい。

(無題) 削除/引用
No.9100-2 - 2020/08/24 (月) 18:19:27 - G25
「genbankでisoform precursorと記載されておりました」と手前勝手に要約しないで、もうちょっと前後の記載もとおしで引用してくれないかな。isoformやprecursorがなにに対する(タンパク質なのかmRNAのアイなのか)説明なのかもようわからん。あんまりmRNAのprecursorについてのannotationというのは見たことないけどな。

だいたい、遺伝子にコードされているのはprecursorであって、翻訳後修飾でmatureになるという遺伝子産物はあたりまえにあるので、そう言うことじゃないんですか?

よくわからんけど、標的がprecursorにあるということが、matureにはないということを意味するわけではないと思うけど。

マイクロRNAの標的が前駆体だった場合 削除/引用
No.9100-1 - 2020/08/24 (月) 17:39:21 - sa
お世話になっております。マイクロRNAと癌の関係を解析する実験を行っております。ある癌に対し、発現差のあるマイクロRNAを同定しており、その標的遺伝子をターゲット予測サイト検索した所、癌に関係の深い遺伝子を見つけました。しかしながら、サイトに記載のTranscription番号をたどってみるとgenbankでisoform precursorと記載されておりました。私の認識ではmicroRNAとmRNAは核外で成熟したmiRNAないしmRNAとなり、そこで結合し翻訳の阻害をするものと思っておりましたので、このままアッセイを計画すべきか悩んでおります。皆様のお考えなどご教示頂ければ幸いです。

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