Bio Technical フォーラム

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RNA 260/280 =3, 260/230 = 0.08 トピック削除
No.9180-TOPIC - 2020/09/27 (日) 04:35:47 - CDCD
CD31-の細胞からRNAを抽出したRNAの結果が、 260/280 =3, 260/230 = 0.08でした。これはどのような理由が考えられるのでしょうか?

なお、抽出課程では、透明なペレットを目視できており、いざRNA濃度を測定して落胆しました。
ホモジナイ不足かなと思っています。
 
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No.9180-9 - 2020/09/28 (月) 12:50:56 - seventh
波形をチェックしないと本当にRNAが取れているかどうかも微妙です。このサンプルを精製するよりは新しくRNA取り直した方が良いと思います。

(無題) 削除/引用
No.9180-8 - 2020/09/28 (月) 12:29:15 - CDCD
たろうさんこれだと思います。 ありがとうございます。
しかし、エタチンしても改善しないあたりがなんとも言えないないですが。。。

(無題) 削除/引用
No.9180-7 - 2020/09/28 (月) 11:12:03 - たろう
グアニジンがたくさん混入していれば、230nmあたりにとても高い山ができてその山の裾野として260nmの吸光度が高くなるかと思われます。
このようなことが起きていれば、核酸が主成分の場合に比べて、260/280の値が高くなり260/230の値が低くなることの説明がつきます。

別の可能性もあろうかと思いますが、1つの可能性として考慮に入れたらよさそうに思いました。

スペクトルをとってみれば、260nmに山があるような核酸溶液になっているのかどうかある程度見当が付けられるだろうと思います。

(無題) 削除/引用
No.9180-6 - 2020/09/28 (月) 10:06:27 - G25
おおさんの指摘されたのと同じところが情報不足と感じました。

精製法は?

測定方式と機器は? (「グアニジンやフェノールのコンタミが表示される」ような親切というか、余計なお世話というかをしてくれる装置なんですね。それは機械的にsuggestionしているに過ぎないと思うんですが、それが正答だと決めつけてしまう人がいそうで罪作りかも)。

あと、溶媒はなんでしょう?測定のとき希釈しているならその溶媒も。

(無題) 削除/引用
No.9180-5 - 2020/09/28 (月) 04:23:09 - おお
あ、それとペレットはちゃんと完全に溶けてますか?

(無題) 削除/引用
No.9180-4 - 2020/09/27 (日) 15:48:05 - おお
測定器はなんですか?再測定はしましたか?
精製方法はなんですか?
よくわからないけど不純物を疑うなら最低限でやれることはエタ沈でしょう。私なら飽和尿素を1:1で加えてから塩濃度を調整してエタ沈します。

(無題) 削除/引用
No.9180-3 - 2020/09/27 (日) 10:33:06 - CDCD
正確な数値は失念してしまいましたが、10-15ng/ul程度です。

普段は260/280がおかしいときはタンパク、230/260の時はグアニジンやフェノールのコンタミが表示されるのですが、今回に限っては何も表示なしです。

(無題) 削除/引用
No.9180-2 - 2020/09/27 (日) 08:13:54 - おお
実測値はどうなってますか?

RNA 260/280 =3, 260/230 = 0.08 削除/引用
No.9180-1 - 2020/09/27 (日) 04:35:47 - CDCD
CD31-の細胞からRNAを抽出したRNAの結果が、 260/280 =3, 260/230 = 0.08でした。これはどのような理由が考えられるのでしょうか?

なお、抽出課程では、透明なペレットを目視できており、いざRNA濃度を測定して落胆しました。
ホモジナイ不足かなと思っています。

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