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(無題) 削除/引用 No.9291-12 - 2020/11/13 (金) 15:42:35 - そば 本トピックにご回答いただいた皆様 大変貴重なご意見ありがとうございました。 ここ数日忙しく、ご意見を頂いたにもかかわらず放置という形になってしまい申し訳ありません。 私が統計について勉強が足りていないことを痛感いたしました。 教えていただいたことを基に検討したいと思います。 重ねてになりますが、誠にありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.9291-11 - 2020/11/11 (水) 02:26:41 - おお >[Re:8] そばさんは書きました : > おお　様 > > ご回答ありがとうございます。 > 記述が分かりづらく申し訳ありません。 > Bonferroniによる補正では、例えば今回の場合ですと2群間のT検定を3回 (1 vs 2、2 vs 3、1 vs 3) 繰り返すことになるので有意水準を0.05/3に設定するのだと認識しています。 > では1か月ごとの変化を調べることが目的だった実験デザインの場合、2群間のT検定を2回 (1 vs 2、2 vs 3) 繰り返すことにして有意水準を0.05/2として設定して良いのでしょうか？ いいです。また経時的な関係をみるなら指摘があるように２WayANOVAをかけて置くというのも手ですが、ANOVAとPostHocあるいは他の検定を行うこと自体が多重検定と言う指摘もありあまり勧めない人もいます。また、Sさんが指摘されている傾向検定もいいかもしれませんね。 多重検定補正には他にはHolm step downやSidakなどがありANOVAの縛りがないので検討の余地があるか考えてみてください。Holm step downは３つの検定で二番目にひくいp値は二分の１を当てるとなっています。ただし若干の縛りがありますので方法論を一度確認ください。

(無題) 削除/引用 No.9291-10 - 2020/11/10 (火) 20:47:44 - FE 「他の群」というのがどのような要因で各群が違うのかを理解できてないので正しいか分かりませんが、その要因をＡとして、Ａ×時間で Two-way repeated measures ANOVA で検定するのはダメでしょうか？そこで有意水準が得られれば、1ヶ月目と2カ月目、もしくは２ヶ月目と３ヶ月目などの各２点を paired t-test で比較しても良い気がするんですが。 それとも、単一の群だけで経時変化が有意に変化しているかを確認したいなら、ノンパラでwilcoxon signed rank testでも検定できると思います。 ちゃんと実験を理解してないので頓珍漢かも知れません。

(無題) 削除/引用 No.9291-9 - 2020/11/10 (火) 18:52:32 - s 特定の2点の差にこだわるなら、多重比較するしかないと思います。 でも検出力も下がるし、順序のある変数を単なるカテゴリー変数として扱うのは何かもったいないですね。

(無題) 削除/引用 No.9291-8 - 2020/11/10 (火) 18:22:22 - そば おお　様 ご回答ありがとうございます。 記述が分かりづらく申し訳ありません。 Bonferroniによる補正では、例えば今回の場合ですと2群間のT検定を3回 (1 vs 2、2 vs 3、1 vs 3) 繰り返すことになるので有意水準を0.05/3に設定するのだと認識しています。 では1か月ごとの変化を調べることが目的だった実験デザインの場合、2群間のT検定を2回 (1 vs 2、2 vs 3) 繰り返すことにして有意水準を0.05/2として設定して良いのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.9291-7 - 2020/11/10 (火) 15:06:06 - おお 実験デザインをあまり把握してませんが、いっそにことTtestをしてからBonferroniとか、Holm step-wiseなどで多重検定の補正をすればどうですか？

(無題) 削除/引用 No.9291-6 - 2020/11/10 (火) 14:50:03 - そば ど素人　様 ご回答ありがとうございます。 各月齢のマウスは解剖してサンプル調製しているため別個体です。 書き方が不明瞭で申し訳ありません。 また、もちろんそのような考え方が非科学的であることは理解しております。 ただし今回は、私の中で複数の群の検定といえばANOVAやBonferroni、Tukeyくらいしか思い浮かばず、 経時的なデータに用いるのに適した検定法を教えていただきたく質問いたしました。 s　様 ご回答ありがとうございます。 傾向検定、ですね、とても参考になります。検討してみたいと思います。 特定の期間で増えたかどうかを対立仮説とする場合には、やはり多重比較検定をするほかないのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.9291-5 - 2020/11/10 (火) 13:05:27 - s 一番簡単には線型モデルで経過時間を表す変数を順序尺度とするもの。 https://ito-hi.blog.ss-blog.jp/2013-02-01-1 答えはすぐ出ますが、対比行列とか出てきて中身を理解するのはちょっとややこしそう。 ノンパラメトリックで良ければ、Jonckheere検定とか。 http://kasuya.ecology1.org/stats/jonck01.html こちらのほうが意味することは明確ですね。Rの関数もあるようです。

(無題) 削除/引用 No.9291-4 - 2020/11/10 (火) 13:04:24 - s 何を検定したいのか、示唆したい仮説(対立仮説)が何かによります。 特定の期間で増えたかどうかは捨象して良く、観察期間全体を通しての単調増加を 示したいのだったら傾向検定ということになるでしょう。 http://www.med.osaka-u.ac.jp/pub/kid/clinicaljournalclub17.html

(無題) 削除/引用 No.9291-3 - 2020/11/10 (火) 12:51:32 - ど素人 すみません。私が勘違いしてるかもしれないので。 同じマウス間でなくて週令ちがいの別の個体の解析なら、無視してください。

(無題) 削除/引用 No.9291-2 - 2020/11/10 (火) 12:41:55 - ど素人 対応のある経時データ間で比較する場合、paired test を行う必要があります。 ご質問文からは、paired test を用いたのか、それとも誤って unpaired test を用いたのかが分かりません。 また、自分は有意差があると信じているから...というのは非科学的な手法なのでやめたほうがいいと思います。 「有意差が有る/無い」ということと、「有意差が検出できる/できない」ということは全く別ですから、気をつける必要があります。

経時的なデータに用いる多重比較検定 削除/引用 No.9291-1 - 2020/11/10 (火) 12:00:15 - そば 初めてまして、いつも参考にさせていただいております。 今回、経時的に遺伝子発現を解析したデータに用いる検定法に悩んでいるため質問させていただきました。 １か月、２か月、３か月齢のマウスを用いてReal-time PCRによる遺伝子発現の定量解析を現在行っており、発現解析により成熟をモニターしたいため当然といえば当然ですが、多くの遺伝子が経時的に発現増加する、という結果が得られました。 次に統計学的有意差を検定するため、多重比較検定の一つであるTukey-Kramer multiple comparison testを実行すると、ほとんどの場合3か月齢のみに他の群との有意差が得られ、1か月齢と2か月齢においても発現が増加しているにもかかわらず有意差は得られません (1か月齢と2か月齢の2群間比較では有意差が得られます) 。 おそらくこれが多重比較検定の欠点の１つであることは理解しています。 発現解析の結果からして1か月齢と2か月齢の間の発現量に十分に差があることはわかるのですが、個人的な感情としては統計学的有意差を結果の裏付けとして示したいという気持ちもあります。 そこでお聞きしたいのは、このような経時的 (段階的) に変化するデータに用いることに適した検定法があるのかということです。 どなたかご回答よろしくお願いいたします。

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