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SnapGeneで制限酵素アイコンがでない トピック削除
No.9367-TOPIC - 2020/12/09 (水) 21:38:27 - FIRE
ソフトの使い方の質問で申し訳ありません。最近SnapGeneを購入しました。
NCBIのアクセッション番号から取り込んだ配列のファイルには制限酵素マップを出すアイコンや、アライメントアイコンが出ず、これらの解析ができません。
最初はファイル名を改変したりするとできるようになったりしたのですが、バージョンアップがあった後はこのようなやり方もダメになったようです。
なにか別に設定があるのでしょうか?
アドバイス、よろしくお願いいたします。
 
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No.9367-12 - 2020/12/19 (土) 09:53:09 - AA
ソフトウェア側の不具合だったということですね。
ということは環境によっては同じ症状に悩まされる人も出るかと思います。
貴重な情報をありがとうございました。

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No.9367-11 - 2020/12/18 (金) 18:31:23 - FIRE
Ver 5.2.3からVer 5.2.4にアップデートされ、これにより制限酵素アイコンがでない・使えないという問題はなくなりました。
お騒がせしました。

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No.9367-10 - 2020/12/11 (金) 17:04:19 - FIRE
NCBIからの取り込みデータをF:\(ハードディスクの別パーティションのルート)においてみましたが、変わらずでした・・・。ちなみに、SnapGeneのプログラム本体はC:\Program Files\SnapGeneにあるので日本語パスは入っていません。

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No.9367-9 - 2020/12/11 (金) 16:25:55 - G25
>>「c:\ユーザー」と半角カタカナですが、実際のpath名は「C:/Users/xxx(アルファベット個人名)/Documents/Plasmids」

いや、まさにそのことを言っているのです。
実際のファイルシステムは英数字ベースなのに、その上にパッチをあてて日本語化しているということが不具合を起こす。
質問の件がこれによるものかはわかりませんが、状況としては当てはまります。

root directory直下に、そのソフト専用のディレクトリ(英数字名)を作って、必要なリソースをそこに置くとか、

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No.9367-7 - 2020/12/11 (金) 15:44:43 - FIRE
日本語Windows 10上で使用しており、Exploreでみると「c:\ユーザー」と半角カタカナですが、実際のpath名は「C:/Users/xxx(アルファベット個人名)/Documents/Plasmids」ですので問題無いようです。

NCBIからの直接取り込みメニューを使わず、いったんNCBI webから配列データをsend to -> Complete Record/Fileでダウンロードし、SnapGeneでオープンしてもEnzymeアイコンがでません。一方、Send to -> Coding Sequenceで保存、SnapGeneでオープンするとEnzymeアイコンはあります。ただし、これだと核酸配列のみでCDS領域等のFetureが付いてきません。そこで、このプレーン配列データに対し、SnapGeneのコマンド「Import Feture」で先のComplete Recordから取り入れたSnapGeneファイルからFetureを取り込ませると、プレーン配列だったデータにFetureが付くのですが、同時にEnzyme/Aligmnentアイコンが消えます。なにかNCBIのデータに解析を制限させるようなFetureが埋め込まれているとかあるのでしょうか?

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No.9367-6 - 2020/12/11 (金) 12:04:14 - AA
全角トラブルはsnapgeneでもバージョン4.2のころに経験したことがあります。
snapgeneのサポートに直接連絡して聞いたら解決しました。
日本語化もされているソフトですが、最新バージョンのリリース直後はトラブルが出るようです。
WINの日本語OSはユーザードキュメントフォルダがログインユーザー名になるので、そこが日本語だと自動的に日本語フォルダが生じます。

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No.9367-5 - 2020/12/11 (金) 11:10:45 - G25
当該のソフトウェアがそうであるか、また最近のWindows OSでもそういうことがるかどうかわからないのですが、参考までに。

外国製のソフトウェアの場合、使用するファイル(データや使用されるリソース)の名前やそこに至るpathに日本語(全角文字)が入っていると読み込めないことがあります。ファイル名は付けるときに自分で気をつければいいですが、リソースの入っているフォルダが全角文字を含むパスの下に入っていたりしてませんか。

(無題) 削除/引用
No.9367-4 - 2020/12/10 (木) 19:36:42 - FIRE
WindowsでVer 5.2.3です。

> 単にアイコンのサイドバーが表示されていないだけではないかと思います。
> 試しに画面上部の「酵素」あるいは"enzyme"のメニューから表示させてみては?
いえ、サイドバーをの三角を開いても、EnzymeのアイコンとAlignmentのアイコンがないんです。そして、メニューでも、Enzymes -> Choose Enzymesのメニューがうっすら文字になっていて選択できません。自分で作った配列ファイルではEnzymeセットの選択、マップに表示は問題なくできます。

> 今試しに、
> ファイル>インポート>NCBIシークエンス>アクセッション番号入力画面
> とすすめてダウンロードしてみましたが問題なく動作しています。
そうなんですか? 先に書いたように、購入した最初のバージョンではファイル名を変えるとEnzyme表示ができるようになることがありました。今のVer 5.2.3のバクなのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.9367-3 - 2020/12/10 (木) 16:46:23 - AA
>>画面左上に小さいグレーの三角があって

...そこをクリックするとサイドメニューが開閉します。

と入れたかったのですが、すみません途中できれました

(無題) 削除/引用
No.9367-2 - 2020/12/10 (木) 16:45:07 - AA
MacなのかWinなのか指定されないと答え方も変わるかと思いますが・・・

単にアイコンのサイドバーが表示されていないだけではないかと思います。
試しに画面上部の「酵素」あるいは"enzyme"のメニューから表示させてみては?
画面左上に小さいグレーの三角があって

今試しに、
ファイル>インポート>NCBIシークエンス>アクセッション番号入力画面
とすすめてダウンロードしてみましたが問題なく動作しています。

SnapGeneで制限酵素アイコンがでない 削除/引用
No.9367-1 - 2020/12/09 (水) 21:38:27 - FIRE
ソフトの使い方の質問で申し訳ありません。最近SnapGeneを購入しました。
NCBIのアクセッション番号から取り込んだ配列のファイルには制限酵素マップを出すアイコンや、アライメントアイコンが出ず、これらの解析ができません。
最初はファイル名を改変したりするとできるようになったりしたのですが、バージョンアップがあった後はこのようなやり方もダメになったようです。
なにか別に設定があるのでしょうか?
アドバイス、よろしくお願いいたします。

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