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(無題) 削除/引用 No.9407-15 - 2021/01/06 (水) 21:43:02 - 賀 みなさまありがとうございます。 実験条件に依るのは当然のことですが、今回はみなさまの経験も含め広く知られているのかということを伺いたかったのですが、そうではない印象を持ちました。 主旨から外れたコメントについては勉強になることがありましたので参考にさせていただきます。 ありがとうございました

(無題) 削除/引用 No.9407-14 - 2021/01/06 (水) 15:29:53 - ぽー ・不純物（沈降させたいもの以外）の組成 ・不純物中に含まれる各分子の性質 ・密度分布や粘性 ・沈降させたい物質の構造 ・遠心の速度、時間、温度 ・不純物中に含まれる物質と沈降させる物質との相互作用の強さ、形式 ・不純物があることによって起こる可能性のある全ての化学反応（これは遠心することによる圧力や圧縮による発熱の影響を受けます） ・一部の物質が沈降したときに起こる各水層における組成の変化による条件の変化 などに影響を受けますので、時と場合によるとしか答えようがありません。 純水との比較だと、そもそも周囲のイオンの有無によってタンパク質の電荷が変わるので立体構造が変化するので、ある程度は沈降係数が変わると想像できますが。

(無題) 削除/引用 No.9407-13 - 2021/01/06 (水) 13:37:47 - 散々 分子が周りの環境をセンシングして、 その結果に従って自身の沈降係数を決定する。 ←そんなわけないでしょ。 でも、排除体積効果、枯渇凝集まで考える必要がある程の 高濃度域ではあり得るかもしれない。

(無題) 削除/引用 No.9407-12 - 2021/01/04 (月) 05:53:41 - おお >[Re:10] 賀さんは書きました : > そうではなく、 > 極端な例だと純粋中でリボソームを遠心する場合と、泥水（少なくとも既知の親和性がない）中でリボソームを遠心する場合は、リボソームが沈殿する時間に差が出る可能性はあるかということです。 リボソームを遠心で分けるのはクルードなCell lysateを使いますよ。

(無題) 削除/引用 No.9407-11 - 2021/01/04 (月) 05:18:12 - おお >[Re:10] 賀さんは書きました : > おおさん > > この例に対する答えに意味がないことは承知していますが、このような事象は分子生物実験等で知られているか、そしてそれは非特異的な結合による巻き込みか？ > という質問になります。 特異的、非特異に限らず結合してたら挙動が一緒になるでしょう。ただし、非特異相互作用はなるべく避けるようなプロトコールを通常考えるのが普通じゃないかな。 非特異と言えるかもしれないものは例えば何らかの原因でアグリゲーションを起こしたもの（生理的に意味のある不溶化物もある）、塩濃度が適切でなく非特異に吸着したものなど。 結合してないが巻き込まれていると言えなくないものは、例えばマイクロソームやミトコンドリアには内部に可溶性蛋白質を含んでいます。そういう蛋白はそれぞれのフラクションに来ます。 巻き込まれているように見えるものとしては、たとえばデタージェントを使わずに核を遠心で回収するとミトコンドリアや小胞体がその核フラクションに来ていたりします。核膜はある意味ERからできていて、ミトコンドリアは核周辺のERに蛋白相互作用で繋ぎ止められています。 なにか巻き込まれていてもおかしくないだろうというのは構造が複雑な場合。ミエリンのような構造体であれば折り重なった間にあるものがうまく遊離できないかもしれません（想像で言ってます）。またシナプトソームというシナプスの部分を密度勾配遠心で単離することができます。このときシナプス内部にあるミトコンドリアもついてきます。

(無題) 削除/引用 No.9407-10 - 2021/01/03 (日) 22:40:55 - 賀 おおさん おっしゃっているのは複合体をつくることが知られているものの場合ですよね？ そうではなく、 極端な例だと純粋中でリボソームを遠心する場合と、泥水（少なくとも既知の親和性がない）中でリボソームを遠心する場合は、リボソームが沈殿する時間に差が出る可能性はあるかということです。 この例に対する答えに意味がないことは承知していますが、このような事象は分子生物実験等で知られているか、そしてそれは非特異的な結合による巻き込みか？ という質問になります。 重ね重ね申し訳ありませんがよろしくお願いします

(無題) 削除/引用 No.9407-9 - 2021/01/03 (日) 19:47:10 - おお >[Re:5] 賀さんは書きました : > おおさん > > 巻き込まれる（引っかかって落ちる）というより、相互作用の結果見かけの沈降係数が大きくなるという意味でしょうか？ > > そのような原理は納得できるのですが、細胞自身や細胞デブリ、オルガネラ、タンパク質などで広くそのような作用は知られているのでしょうか？ > 超遠心で蛋白のコンプレックスの大きさにより分けることができます。コンプレックスの構成因子でも、コンプレックスに取り込まれていないものは沈降速度が非常に遅く分離できます。またリボソームも７０s、５０s、３０sさらにポリソームを分けることができます。５０s、３０sがアセンブリすると７０sにでてきますし、それにmRNAがつくとポリソームです。

(無題) 削除/引用 No.9407-8 - 2021/01/03 (日) 18:43:24 - 賀 ご回答いただきありがとうございます。 質問が分かりにくくすみません。 今回の主旨は遠心時に、サンプル中の不純物が見かけの沈降係数に影響するかということです 細胞膜の回収に限った話ではなく、細胞小器官やタンパク凝集体、はたまたガラスビーズなど遠心中に含まれうる全てのものを対象としています 溶解度の意味はわかるのですが、それは「溶解性のあるものでしか、（見かけ上）巻き込みのような現象は起きない。不溶性粒子だけでは起きない」という意図でしょうか？

(無題) 削除/引用 No.9407-7 - 2021/01/03 (日) 14:20:19 - 溶解度 溶解度

(無題) 削除/引用 No.9407-6 - 2021/01/03 (日) 12:59:55 - qq 細胞膜は低張でホモジナイズしてゴーストに近いような大きな膜として低速遠心で回収する方法と、等張で強くホモジナイズしてミクロソームに回収する方法があります。出典は自分で探しなさいね。 別に巻き込まれて早く沈殿しているわけではなく、低張で回収するときは、それこそゴーストに巻き込まれている細胞内オルガネラを取り除いたと思います。

(無題) 削除/引用 No.9407-5 - 2021/01/03 (日) 10:37:31 - 賀 おおさん 巻き込まれる（引っかかって落ちる）というより、相互作用の結果見かけの沈降係数が大きくなるという意味でしょうか？ そのような原理は納得できるのですが、細胞自身や細胞デブリ、オルガネラ、タンパク質などで広くそのような作用は知られているのでしょうか？ それともおおさんがおっしゃっているのは電荷等による一定の条件下（ファンデルワールス力などではなくもう少し狭い条件）の話で知られているのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.9407-4 - 2021/01/02 (土) 20:26:27 - おお 巻き込まれるというより、安定な相互作用のあるものは結合した状態のものの密度や大きさに依存していると思ったほうがいいのでは？

(無題) 削除/引用 No.9407-3 - 2021/01/01 (金) 18:56:10 - 賀 話がまとまっておらず失礼しました 核酸についてはお忘れ下さい 今回は遠心分離についての質問となります 例えば...以下が本題となります

(無題) 削除/引用 No.9407-2 - 2021/01/01 (金) 18:31:57 - Skeptic 核酸のエタノール沈殿効率が濃度に依存するのは、低濃度だと核酸が凝集して十分なサイズになるのに時間が掛かるからでは？ また、ご質問については何をお聞きになりたいか今一つよくわかりません。核酸のアルコール沈殿のご質問でしょうか、それとも遠心分画法についてのご質問でしょうか。

遠心分離時の純度と密度について 削除/引用 No.9407-1 - 2021/01/01 (金) 17:50:12 - 賀 明けましておめでとうございます よく核酸のエタ沈などで（核酸量が）微量のものは回収しづらいと聞きます。 これはもちろん上清と一緒に吸ってしまうなど手技の問題もあると思うのですが、逆にサンプル中の密度や純度が沈殿に影響を与えるということはあるのでしょうか？ 例えば細胞破砕液のようなクルードなサンプルでは、細胞膜は単独より速く落ちる（言葉上は共沈に近い？）など、、、 イメージ的には落ちるものに巻き込まれて微小な粒子も普段より早く落ちそうなのですが、そうだとしても教科書的な出典を見つけられず困っています どなたかご存じでしたらお教え下さい

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