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DNAのハイブリダイゼーション トピック削除
No.9619-TOPIC - 2021/04/15 (木) 04:40:46 - しんや
既知のゲノム解析手法を元に新しい実験手法の開発に取り組んでいます。
ゲノムDNAをシェアリングした後、いくつかのステップを経て、65℃でインキュベーションするのですが、電気泳動の結果を見るとこのステップ後に、高分子域に移行しています。ハイブリダイゼーション液を使っているわけではないですが。

DNAの組み合わせが変わってしまうと、新しい手法には結びつかないのですが、原因を特定するのがなかなか困難です。

何かアドバイスありますでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.9619-4 - 2021/04/15 (木) 12:08:03 - f
電気泳動サンプルに酵素などが過剰に持ち込まれることはありませんか?

そのような場合はSDS入りのDye (ニッポンジーン:313-90111)を使うと改善されることがあります。

(無題) 削除/引用
No.9619-3 - 2021/04/15 (木) 11:46:38 - G25
「ゲノムDNAをシェアリングした後、いくつかのステップを経て、」ってところで何をしているかが問題のような気がします。普通に断片化しただけのゲノムDNAでは起きない現象です。

例えばですが、途中でエタノール沈殿なんかしていて、ペレットを乾燥させすぎてアグリゲートしているとか。

(無題) 削除/引用
No.9619-2 - 2021/04/15 (木) 04:43:26 - しんや
具体的には、DNAの相補鎖ペアが入れ替わったり、アグリゲートしたり、そういうことを疑っています。あるいはおかしなダイマーができたり。

DNAのハイブリダイゼーション 削除/引用
No.9619-1 - 2021/04/15 (木) 04:40:46 - しんや
既知のゲノム解析手法を元に新しい実験手法の開発に取り組んでいます。
ゲノムDNAをシェアリングした後、いくつかのステップを経て、65℃でインキュベーションするのですが、電気泳動の結果を見るとこのステップ後に、高分子域に移行しています。ハイブリダイゼーション液を使っているわけではないですが。

DNAの組み合わせが変わってしまうと、新しい手法には結びつかないのですが、原因を特定するのがなかなか困難です。

何かアドバイスありますでしょうか?

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