Bio Technical フォーラム

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プロイディーアナライザーのデータ解析 トピック削除
No.9924-TOPIC - 2021/09/23 (木) 00:12:07 - おはな
プロイディーアナライザー(フローサイトメーター)を用いて
植物のゲノムサイズの確認を行ったのですが、
出力されたFCSファイルの扱いに困っております。

出力されたデータからヒストグラムを描き出したいのですが、
「winMDI」というソフトは現行のOSには対応していないようで、
また「Flowing Software」というソフトを用いると、"index out of range"とエラーが出ます。
「R」の「flowCore」というパッケージでファイルを読み込むと、「無相関の単位量ヒストグラム(mode:U)のため対応していない」とエラーが返ってきます。

FCSファイルを読み込んでヒストグラムを描ける、フリーのソフト、
もしくは、FCSファイルの中身をバイナリからテキスト形式に変換する方法を教えていただきたいです。

よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.9924-3 - 2022/03/07 (月) 20:45:28 - おじさん
私が以前使用したFCSファイルは、テキスト形式とバイナリ形式が入り混じったファイルでした。
前半部分にはテキスト形式で実験時の諸情報(カウントした総細胞数、日付など)が格納され、後半部分には8文字単位の16進数の形で、実際の計測データが格納されていました。

(無題) 削除/引用
No.9924-2 - 2021/09/24 (金) 09:11:18 - s
参考になるかどうかわかりませんが、FACSCaliburの出力からデータを取り出すのに、昔rubyで書いたスクリプトをずっと使ってます。FCSファイルを読んでcsvファイルで出力するものです。

FCSの仕様は公開されていますが(英語版wikipedia、及びそこに引かれている文献参照)、バージョンの違いに加えオプションが沢山あり、機械毎に違うオプションを使っていたりするので、スクリプトを書く前に実際のFCSファイルをバイナリエディタで開けてみてフォーマットを確認する必要があります。

プロイディーアナライザーのデータ解析 削除/引用
No.9924-1 - 2021/09/23 (木) 00:12:07 - おはな
プロイディーアナライザー(フローサイトメーター)を用いて
植物のゲノムサイズの確認を行ったのですが、
出力されたFCSファイルの扱いに困っております。

出力されたデータからヒストグラムを描き出したいのですが、
「winMDI」というソフトは現行のOSには対応していないようで、
また「Flowing Software」というソフトを用いると、"index out of range"とエラーが出ます。
「R」の「flowCore」というパッケージでファイルを読み込むと、「無相関の単位量ヒストグラム(mode:U)のため対応していない」とエラーが返ってきます。

FCSファイルを読み込んでヒストグラムを描ける、フリーのソフト、
もしくは、FCSファイルの中身をバイナリからテキスト形式に変換する方法を教えていただきたいです。

よろしくお願いします。

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