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No.8622-4 - 2020/02/04 (火) 23:55:07 - AP
transgenicはもちろんtransgene、導入遺伝子から来ていて、「transgeneを持ったもの」という形容詞だな。宿主のゲノムに加えて外来の遺伝子を人為的に持たされたものだな。コピー数云々は手技の原理上たまたまそうなるというだけで本質的でない。

ノックアウト、ノックインというのは今じゃ学術用語のような扱いをされているようだが、もともとjargonというか俗語、業界内の隠語の類だということを意識して欲しい。もともとは狙った遺伝子を破壊するgene targeting 遺伝子標的法を、遺伝子を動けなくすることからknock-outカジュアルに表現されるようになった。単に動けなくするだけでなくレポーターなど外来の遺伝子を標的遺伝子に入れ込むのを、out の対してinだっちゅうことで、シャレでknock-inと表現され始めた。ちなみに人為的RNAiをknock-downと言い始めたのもシャレ。

手技にかかわらず、遺伝子を破壊するのをKnock-out、同時に外来遺伝子を入れ込むのをKnock-inというなら、CRISPRを使おうが、確率的な相同組換えを使おうが、knock-out/inでしょう。だけどそういったjargon一言で表現するより、実際に何をどうしてどうなったかをきちんと記載するのが誠実だと思います。

まあ伝統的に業界の人たちは、シャレが効いてるのがカッコいいと思う風潮があるようですけどね。Southernさんが発明したSouthern blot、そこからシャレで命名されたNorthern blot (RNA blot)、Western blot (immuno blot)、一時、South-westernやNorth-western、Southerncrossなんてのもあった。そんな例、まだまだあるはず。

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No.8622-3 - 2020/02/04 (火) 19:36:04 - Nanasi
トランスジェニックは、本来のendougenousな遺伝子の位置以外に1つ以上のコピーのexogenous な遺伝子が入っていて。
ノックインというのは、endogenous な遺伝子の位置にexogenousな遺伝子と「置き換える」(だから基本的にコピー数は変わらない)と言う定義が一般的だと思ってましたが違うのでしょうか?
 
最後の例みたいなのは、endogenous な遺伝子が残ってるならノックインと言わない気がしますが、どうなんでしょう?
単に「挿入した」ではダメなんでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.8622-2 - 2020/02/04 (火) 19:17:57 - AA
所詮は慣例的な言い回しなのでだいたいそのとおりでいいのではと思いますが、

-トランスジェニック=遺伝子改変と捉える場合
-ノックイン=挿入座の遺伝子の破壊を伴うと捉える場合

など、人によって定義がまちまちなので、
「カセットをノックインした」という言い回しは論文では使わないことをおすすめします。

トランスジェニックとノックイン 削除/引用
No.8622-1 - 2020/02/04 (火) 18:59:27 - Mak
言葉の定義と使い方について教えてください。

トランスジェニックとは、ゲノムのランダムな場所に1〜数コピーの外来遺伝子が挿入されることを指し、それに対しノックイン/ノックアウトは標的とした位置で編集が行われ、標的遺伝子の機能を欠失させる場合はノックアウト、レポーター遺伝子など挿入する場合はノックインと呼ぶと理解しています。

CRISPR/Cas9システムを使って、標的遺伝子の終止コドン直前に「P2A-eGFP-polyA」カセットを相同組み換えにより挿入した場合、「カセットをノックインした」という表現で間違いはありませんでしょうか?

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