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SDS-PAGEで全体的に上方向にシフトする トピック削除
No.5831-TOPIC - 2017/03/15 (水) 11:15:57 - ヨガフレイム
とあるタンパク質を精製し、いくつかのチューブに分注して冷蔵保存しています。
分解等のチェックのために定期的にSDS-PAGEをしているのですが、同ロットの他のチューブと比較して、全体的に上方向にシフトして流れているチューブが1本あります。還元・非還元SDS-PAGEしているのですが、どちらともシフトが見られます。

何かがコンタミして、このような上方向のシフトが起こることはありますでしょうか?
 
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No.5831-7 - 2017/03/17 (金) 08:40:10 - ヨガフレイム
おお 様、0 様

ありがとうございます。

このサンプルは凍結を一度もせずに4℃で保存しています。

バンドの濃さを見る限り、タンパク質の量は揃っているように見えます(目視ですが)。

泳動サンプルを調製する際にチューブを転倒混和と軽いピペッティングをしているので、バッファーの濃度やpHは均一になっていると思います。

(無題) 削除/引用
No.5831-6 - 2017/03/16 (木) 10:38:08 - 0
必ずしもコンタミではなくとも起こり得る事象と思います

アプライのvolumeやamountが違うと流れ方が変わることもありますね
たとえばそのチューブだけ蓋がしっかり閉まっていなくて、
氷が昇華して濃縮してしまったということはないでしょうか?
それでそのチューブは他よりも多くのタンパクを流してしまっているとか

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No.5831-5 - 2017/03/15 (水) 16:46:37 - おお
全体的に上方向にシフトしているというなら(例えばマイナーバンドとかもふくめて)、ゲルの状態か、そのサンプルの溶液の状態を反映しているようにおもえます。

凍らせたサンプルから溶かしたのであれば、最初に溶け出てくるときのバッファーの濃度、pHは最後に溶け出てくるものと違うことがあり、溶解したあと転倒混和とかで混ぜてやらないとサンプルを吸った場所によってバッファーの濃度、pHが違う可能性があります。そういうことを見てるのかなぁと漠然と思いました。

(無題) 削除/引用
No.5831-4 - 2017/03/15 (水) 13:36:59 - ヨガフレイム
AP様

陽イオン交換とNiアフィニティの2回精製を行い、PBS(-)でバッファー交換しています。

同ロットの精製品を複数本のチューブに分注したのですが、1本だけ流れ方がおかしい状況です。

PAGEのゲルは既製品のプレキャストゲルを使用しています。

(無題) 削除/引用
No.5831-3 - 2017/03/15 (水) 11:39:02 - AP
pHやイオン強度などがあやしいですが、
どのような精製をして保存溶液はなんですか?

(無題) 削除/引用
No.5831-2 - 2017/03/15 (水) 11:18:11 - ヨガフレイム
タイトルがわかりにくいですね。
1レーンのみ、他レーンとバンドパターンは同じなのに全体的に上方向にシフトしている状況です。

SDS-PAGEで全体的に上方向にシフトする 削除/引用
No.5831-1 - 2017/03/15 (水) 11:15:57 - ヨガフレイム
とあるタンパク質を精製し、いくつかのチューブに分注して冷蔵保存しています。
分解等のチェックのために定期的にSDS-PAGEをしているのですが、同ロットの他のチューブと比較して、全体的に上方向にシフトして流れているチューブが1本あります。還元・非還元SDS-PAGEしているのですが、どちらともシフトが見られます。

何かがコンタミして、このような上方向のシフトが起こることはありますでしょうか?

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