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(無題) 削除/引用 No.5833-5 - 2017/03/16 (木) 13:44:41 - お団子 >IHC?様 おっしゃる通りです。現在絶賛BLASTかけてますが、非常に手間です……。 今回は初めて作るのでとりあえず、と教員の指示でPrimer3を使用しました。 次回以降はPrimer-BLAST使おうと思います（Primer-BLASTではSantaLuciaが使われているようですね）。 恥ずかしながら、二次構造の確認にどのツールを使ったら良いか模索中なので、おすすめ等あればぜひ教えていただきたいです。

(無題) 削除/引用 No.5833-4 - 2017/03/16 (木) 12:56:02 - IHC? realtimeをシンプルにやりたいだけならNCBIや他サイト（Rocheなど）を使っては？ Primer3だとBlastとかかけられていないんで、設計した候補配列いくつかを自分でBlastかけたり立体構造予測かけたり、いろいろやんなきゃいけないですよね？

(無題) 削除/引用 No.5833-3 - 2017/03/16 (木) 10:41:28 - お団子 丁寧に論文のリンクまで貼ってくださり、ありがとうございます。 とりあえずSantaLuciaで候補を絞り、Breslauerでも一応計算して大きく結果がずれないものを使おうと思います。

(無題) 削除/引用 No.5833-2 - 2017/03/16 (木) 05:25:06 - おお まあどれでもいいんじゃないか。 以下のURLでは SantaLuciaの方法はエラーが少ないとされていますけど。もっとエラーの大きい方法で計算したTmを参考にする場合もありますし。 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/21/6/711/199347/Comparison-of-different-melting-temperature

Primer3のthermodynamic parameters 削除/引用 No.5833-1 - 2017/03/15 (水) 15:06:34 - お団子 学生です。 初めてReal time PCRのプライマーの設計にとりかかり、Primer3で行おうと思っているのですが、 Tm値を出すにあたってBreslauer et al. 1986とSantaLucia 1998どちらを選ぶべきなのかわかりません。 普通、どちらを用いるものなのでしょうか。 教えていただければ幸いです。

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