BioTechnicalフォーラム [なぜバイオインフォマティクスの分野ではRやPerlを使うのか]

なぜバイオインフォマティクスの分野ではRやPerlを使うのか

No.5914-TOPIC - 2017/04/17 (月) 22:10:44 - イリヤ

なぜバイオインフォマティクスの分野ではRやPerlを使うのでしょうか？
私はプログラマですが、RやPerlは一般企業ではあまり使われていなく（Perlは化石言語と言われていたりするし）
Pythonならデータ分析ライブラリも豊富であるし
バイオインフォマティクスでもPythonで分析をすればいいのでは？と思います。
RやPerlのどういう言語の特性が、バイオインフォマティクスと相性が良いのでしょうか？
　

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No.5914-8 - 2017/04/21 (金) 20:17:13 - ウェット研究者

どうなんでしょう？

正直、Perlはバイオインフォでも化石化しつつあると思っています。
この業界はそれほどプログラミングセンスがなくてもなんとかなるので、移行できない人も結構いるというだけはないかと……
Pythonに移行できない人々から色々言い訳を聞いたことはあります。

一部のAPIがPerlしか用意されていなかったりもするので、Perlのメリットもあります。私自身は自分はPythonでなんとかする方法を考えるけれども。

Rはちょっと事情が異なるかと。pandas使えないくらいで、「データフレームなから」というのはレベルが低すぎると思うけど、Pythonはまだまだライブラリが不足している面があります。ただ、これは自分の知識不足かも知れません。

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No.5914-7 - 2017/04/18 (火) 11:55:04 - Python移行中

Perlに慣れてるからまだPerl使ってしまう。。個人的には”慣れてる”しか理由が無い。

解析でいうと、あまり使ってる人多くないかもしれないけどHOMERはPerlスクリプト。
解析じゃないけどcircosもPerl。やっぱり分野とかによるのかね？

RはCDさんが言うように既存パッケージが豊富。まだまだ使う。

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No.5914-6 - 2017/04/18 (火) 08:35:57 - ヒザポテト

C++使ったほうが速そうですよね

そういえばC#のライブラリで.Net Bioなるものがあるらしいです。
最近更新されていないみたいだけど。

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No.5914-5 - 2017/04/18 (火) 00:41:32 - CD

Perl使っている？基本Perl出来ることはPythonで出来るような。どのバイオインフォマティクスの分野でお仕事するかにもよるけど、NGS関連は圧倒的にPythonで行われる場面が多いような気がする。解析ソフトもパイソンを要求されることはあってもPerlを要求されたことは一度もない。

RについてはSから続く統計とグラフィックスに特化したプラットフォームということ、速度は遅くてもデータシート処理を得意とするところ、すでに多数のパッケージが作られていることなどに意味はあると思う。

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No.5914-4 - 2017/04/17 (月) 22:56:10 - たていす

まあ、biopythonというのもある。
中途半端なのかもしれませんが

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No.5914-3 - 2017/04/17 (月) 22:17:15 - サンショウウオ

PDBとか化合物のフォーマット（cdx、sdf,molその他多数（２０種はある））が、テキストデータだから、まぁ、Perlは相性いいですね。
　Rはなんででしょうね。　フリーだからかな？

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No.5914-2 - 2017/04/17 (月) 22:15:20 - サンショウウオ

Perl...まだ生きてたのか。。
文章処理に特化していてその辺には使いやすいとは聞くが。