Bio Technical フォーラム

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PCRのノンスぺバンド トピック削除
No.6120-TOPIC - 2017/07/12 (水) 20:00:56 - りな
こんにちわ。

私は、ある遺伝子の配列を読もうとPCRをかけてみたのですが、BLASTで調べるとゲノム上に同じような配列をもった遺伝子が複数あるみたいで、ノンスぺバンドがいくつか出てきてしまいます。このようなときは、どうすればよろしいのでしょうか。
よろしくお願いします。

りな
 
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No.6120-7 - 2017/07/14 (金) 22:19:36 - りな
みなさん、アドバイスありがとうございます。
目的のバンドは出ていたので、切り出して、再PCRを行うことで、うまくいきました。
ありがとうございました。

りな

(無題) 削除/引用
No.6120-6 - 2017/07/13 (木) 11:59:53 - yuki
条件検討が十分にされていて、プライマー変更も出来ない事情がある前提なら
泳動後にゲルを切り出して抽出
量が足りないのであればゲルから抽出したDNAをテンプレートに再PCR

(無題) 削除/引用
No.6120-5 - 2017/07/13 (木) 06:39:22 - AP
プライマーを変えるにしかず。ブラストをかけてゲノムと照合できるくらいなら、プライマーを設計し直せばいいだけなのでは? nested PCRを考えてもいいかも。

(無題) 削除/引用
No.6120-4 - 2017/07/13 (木) 03:26:48 - おお
少し条件検討をして、ノンスペを減らして(なくなったらベストですけど)、その後ノンスペが出ていても泳動後に目的のバンドと思われるサイズのところを切り出して配列を読むのは手だと思います。ただゲノムなどの情報がまだ十分蓄積してなくて、サイズがはっきりしないなら、プライマーなどを再検討してみるとか、RNAからアプローチするとか色々工夫した方がいいかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.6120-3 - 2017/07/12 (水) 21:27:47 - 774R
目的のサイズのバンドが出ていれば、ノンスペバンドがいくつか出てこようと、その遺伝子の配列は読めると思いますが、なにが問題なんでしょう?

(無題) 削除/引用
No.6120-2 - 2017/07/12 (水) 20:51:02 - mon
「同じような配列」がどの程度似ているのか不明ですが、
ブロックしたい配列のprimerの3'端をdideoxynucleotide(特注)にして伸長できないようにして添加する手法があります。
http://www.biotechniques.com/multimedia/archive/00007/98243st04_7613a.pdf
https://www.researchgate.net/publication/236336997_Quantitative_threefold_allele-specific_PCR_QuanTAS-PCR_for_highly_sensitive_JAK2_V617F_mutant_allele_detection/figures?lo=1

PCRのノンスぺバンド 削除/引用
No.6120-1 - 2017/07/12 (水) 20:00:56 - りな
こんにちわ。

私は、ある遺伝子の配列を読もうとPCRをかけてみたのですが、BLASTで調べるとゲノム上に同じような配列をもった遺伝子が複数あるみたいで、ノンスぺバンドがいくつか出てきてしまいます。このようなときは、どうすればよろしいのでしょうか。
よろしくお願いします。

りな

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