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Illunima Miseqはアダプター配列直後から綺麗なシークエンス? トピック削除
No.6500-TOPIC - 2017/12/03 (日) 02:31:01 - トン太
いつもお世話になっております。
この度 抗体重鎖配列をIllumina Miseqにより解析することになりました。

非常に基本的な質問で申し訳ないのですが、何分 Miseq解析が初めてかつ高価ですので質問させてください。

サンガーシークエンスの場合、サンプルの末端から50bpくらいは不明瞭な配列となります。
Miseqの場合はサンプル末端(Illuminaアダプター直後)から綺麗な配列が出てくるのでしょうか。

どうぞ宜しくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.6500-4 - 2017/12/08 (金) 12:32:57 - AA
多くのNGSをはSequencing by Synthesisだと思います。
先に反応を済ませて泳動で分離するジデオキシ法とは明確に異なりますね。


といいますか、最初期のNGSは1リード20bpくらいだったわけで、
それを考えれば原理を知らずともなんとなく想像がつきそうですね。

(無題) 削除/引用
No.6500-3 - 2017/12/08 (金) 11:10:05 - 橘
インデックス配列をどうやって解読しているか考えてみたらどうでしょう。
イルミナに日本語の説明スライドがたくさんありますから、それをざっと見ておきましょう。

(無題) 削除/引用
No.6500-2 - 2017/12/03 (日) 20:35:15 - AP
シークエンスの原理が全然違うんだから、勉強して考えてごらんなさい

Illunima Miseqはアダプター配列直後から綺麗なシークエンス? 削除/引用
No.6500-1 - 2017/12/03 (日) 02:31:01 - トン太
いつもお世話になっております。
この度 抗体重鎖配列をIllumina Miseqにより解析することになりました。

非常に基本的な質問で申し訳ないのですが、何分 Miseq解析が初めてかつ高価ですので質問させてください。

サンガーシークエンスの場合、サンプルの末端から50bpくらいは不明瞭な配列となります。
Miseqの場合はサンプル末端(Illuminaアダプター直後)から綺麗な配列が出てくるのでしょうか。

どうぞ宜しくお願い致します。

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