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(無題) 削除/引用 No.6511-3 - 2017/12/19 (火) 03:29:34 - おお 精製するんだから、検出されたm/zとその蛋白から予想されるm/zを比較したらいいだけじゃないかと思うのだが、、、

(無題) 削除/引用 No.6511-2 - 2017/12/18 (月) 17:59:44 - K データベースに配列を追加できませんか？ 自分が以前ショットガンプロテオミクスを行った際は、データベースのFASTAファイルを編集して任意のタンパク質配列を追加できました。 (拡張子を.txtに変更して編集しました。) マスコットじゃなくてシーケストを使ったような気もするので、間違ってるかも... (うろ覚え) 違ったらすみません。

データベースにないタンパクのPMF，切断ペプチドの予想 削除/引用 No.6511-1 - 2017/12/06 (水) 15:06:13 - MS初心者 MS解析の初心者です。 データベースになく，自分がcDNAから一次構造を決定したタンパクがあります。 このタンパクを精製して，ペプチド・マス・フィンガープリンティング（PMF）によって同定したいと考えております。 切断されうる箇所は予測できるのですが， 実際の質量分析のm/zのピークとの対応を具体的にどのように進めればいいかで困っています。 どれくらい予想される切断パターンと一致すればいいのか？などが分かりません。 PMFの解析手法はマスコットサーチしかしらないもので， どうか教えていただけないでしょうか？ ちなみに，調べたいタンパクは109残基で，トリプシンで切断されうる箇所は16箇所です。

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