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RT-PCRで検出されないmRNAについて トピック削除
No.6825-TOPIC - 2018/04/09 (月) 03:27:00 - 駆け出し大学院生
mRNAの種類よって、sampleから全く検出されない場合などあるのでしょうか??(全く発現がない)

特定の酵素の発現をmRNAで調べています。
sampleA、sampleBとあった場合。

sampleA、Bのhouse keeping geneのCT値は15程です。
解析対象のmRNAでは、sampleAではCT値28ぐらいで、綺麗にPCRがかかっているのですが、sampleBでは40cycleでも全く検出されません。(sigmoid curveが上がってきません)

こんなことあるのでしょうか??

細胞中で全く発現しないmRNAっていうものありますのでしょうか??
 
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(無題) 削除/引用
No.6825-8 - 2018/04/10 (火) 17:47:01 - おお
>ΔΔCT法の相対定量でしか解析をしたことが無かったので、そもそも検出されなかったら論文にどのようにグラフで示すのが一般的なのでしょうか、、、

少し前に同様の質問がでて議論したような気がしますね。。。探せますか?

有難う御座います 削除/引用
No.6825-7 - 2018/04/09 (月) 20:42:09 - 駆け出し大学院生
みなさん>
発現が低いとやはり検出されないこともあるのですね。
有難う御座います。安心しました。

おおさん>
再現性も確認させて頂きます。
酵素反応そのものを調べる実験系も予定しています。有難う御座います。

ΔΔCT法の相対定量でしか解析をしたことが無かったので、そもそも検出されなかったら論文にどのようにグラフで示すのが一般的なのでしょうか、、、

(無題) 削除/引用
No.6825-6 - 2018/04/09 (月) 14:02:00 - おお
>こんなことあるのでしょうか??

みなさんが言っているようにあります。

ただ一応サンプル調製など問題がなかったかなどの確認、再現性など見ておくべきでしょう。RTPCRだけでなく多面的な実験方針も考えたほうがいいかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.6825-5 - 2018/04/09 (月) 12:49:14 - mon
同じ遺伝子でも、Altanative splicingやpromoterが変わることで、RT-PCRのprimerがアニールする部位がmRNAから無くなることもあるよ~~。
状態・組織によりmRNAの安定性が変わることも多いよ。

(無題) 削除/引用
No.6825-4 - 2018/04/09 (月) 10:55:32 - 生物学のお勉強
研究にたずさわる前に大学レベルの学習をやり直さないといけません。

(無題) 削除/引用
No.6825-3 - 2018/04/09 (月) 07:36:45 - xyz
アポトーシスを誘導する遺伝子がやたらめったら発現したら困りますよね?

(無題) 削除/引用
No.6825-2 - 2018/04/09 (月) 04:29:40 - う
あるでしょ。

ヘモグロビンが神経細胞に発現するとでも?

RT-PCRで検出されないmRNAについて 削除/引用
No.6825-1 - 2018/04/09 (月) 03:27:00 - 駆け出し大学院生
mRNAの種類よって、sampleから全く検出されない場合などあるのでしょうか??(全く発現がない)

特定の酵素の発現をmRNAで調べています。
sampleA、sampleBとあった場合。

sampleA、Bのhouse keeping geneのCT値は15程です。
解析対象のmRNAでは、sampleAではCT値28ぐらいで、綺麗にPCRがかかっているのですが、sampleBでは40cycleでも全く検出されません。(sigmoid curveが上がってきません)

こんなことあるのでしょうか??

細胞中で全く発現しないmRNAっていうものありますのでしょうか??

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