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(無題) 削除/引用 No.7287-9 - 2018/10/05 (金) 04:00:24 - おお あと、たまにN末のATGの選択など（場合によってはスプライシングや転写開始位置などが影響する）で移行先が変わるという蛋白もあるようです。データーベースやそういうプレディクションも一度見ておいたほうがいいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.7287-8 - 2018/10/05 (金) 03:53:06 - PD おお様、 引き続きありがとうございます。 そのタンパク質はプロプロテインとして合成されます。 小胞体でプロテアーゼにより切断されて活性化されます。 言い換えると、シグナルペプチドの他に成熟時に切断される箇所があり、ウエスタンにおいて分子量の違いにより切れているかどうかを調べることができます。核を綺麗に精製してみて、そこからタンパク質を抽出してみます。ありがとうございます。 抗体の特異性に関しては、ノックアウトマウスがいますので、それをコントロールにしました。 それ以外ですと、タグ付きのものを過剰発現をさせ、タグ抗体で染色するとやはりゴルジが大部分ですが、核内も染まることは確認できました。

(無題) 削除/引用 No.7287-7 - 2018/10/05 (金) 03:48:27 - おお N末にシグナルペプチドがあってERで合成されるときに切断されているようだったら、核にあるものもそこが切れているかどうかなど調べてみるのもいいかもしれません。 ＞コンフォーカルで染めたところ、核内が染まりました。 なるほど。そこは確認済みなんですね。抗体の特異性を担保するようなデーターはありますか？

(無題) 削除/引用 No.7287-6 - 2018/10/05 (金) 00:54:03 - PD おお様、ありがとうございます。 今はご指摘いただいたEGFRの論文を読んでいます。 確かにNotch, SREBP, ATF6などはこれに該当しますよね。 前にもトピックがあったのですね。調べてみます。ありがとうございます。 ＞APさんの指摘のように核膜にあるのならERと核膜はつながっているのでERで合成されたものが流れ着いたかなと想像するのはかたくないです。 小胞体と核膜は繋がっていそうですが、ゴルジ体と核膜というのは驚きでした。 ＞核内にあるならもっと違うメカニズムを考えないと説明できないですがないとはいえない。 ＞まずは実験的に核膜にあるのかそれ以外のところにあるのか決めるといいんじゃないでしょうか。 ＞核マトリクスのタンパクとか多くないですか？ コンフォーカルで染めたところ、核内が染まりました。 核内が一様に染まっています。 質量分析で見つかったタンパク質の多くはラミンなど裏打ちタンパク質はほとんど同定されず、かなりが転写因子であったり、DNA結合タンパク質ばかりでした。 ゴルジに局在するそのタンパク質のモチーフを検索したところNLS様な配列があったので、今変異を導入していますが、それでもどう核内に移行するのか、核内で何をしているのかについては全く検討もつきません。 今はWTとノックアウトの細胞でRNAシークエンスを行い、GO解析で大まかな役割を同定しようとしています。

(無題) 削除/引用 No.7287-5 - 2018/10/05 (金) 00:45:34 - おお ちょっと前に分泌されるけど核にもあるタンパクについて質問がありました。ちょっと探してみてもいいかも。 APさんの指摘のように核膜にあるのならERと核膜はつながっているのでERで合成されたものが流れ着いたかなと想像するのはかたくないです。 核内にあるならもっと違うメカニズムを考えないと説明できないですがないとはいえない。 まずは実験的に核膜にあるのかそれ以外のところにあるのか決めるといいんじゃないでしょうか。 核マトリクスのタンパクとか多くないですか？

(無題) 削除/引用 No.7287-4 - 2018/10/04 (木) 23:42:21 - PD mon様、 ありがとうございます。 EGFRは細胞膜だと思っていましたが、ゴルジ体にもあるんですね。 AP様、 ありがとうございます。 ＞核膜とゴルジ膜、ER膜は連絡（連続）しているというのが現代的ななコンセンサス それは知りませんでした...。 それは衝撃的です。早速文献を調べてみます。 この度は気づきを与えてくださり、ありがとうございました！

(無題) 削除/引用 No.7287-3 - 2018/10/04 (木) 19:41:29 - AP 核膜とゴルジ膜、ER膜は連絡（連続）しているというのが現代的ななコンセンサスどと思うけど、それならそういう事があってもおかしくなさそう。 それとは別に、SREBPなんかはまさにそういう挙動をするね。

(無題) 削除/引用 No.7287-2 - 2018/10/04 (木) 14:33:13 - mon EGFR

核にゴルジ体膜貫通タンパク質が存在できるか 削除/引用 No.7287-1 - 2018/10/04 (木) 13:25:06 - PD いつも拝見させてもらっています。 ゴルジ体膜貫通タンパク質のノックアウトをコントロールに使って、このタンパク質と相互作用するタンパク質を質量分析にて同定していますが、同定されたもののうちかなりの多くが予想外に核タンパク質でした。 そこで野生型とノックアウトでそのタンパク質の免疫染色をしたところ、多くがゴルジ体でしたが僅かながらに核にも染色が認められました。ノックアウトでは染色されないため特異的な抗体です。 ひょっとしたらこのタンパク質はゴルジ体だけでなくなんらかの形で核に移行するのではと仮説を立てました。 ただこのタンパク質は一型膜貫通タンパク質であり、N末にはシグナル配列があります。かなり古くから解析されてきた歴史あるタンパク質で、これまでゴルジ体で機能する以外のことは報告はありません。ゴルジから核ではコンパートメントに違いがありすぎて、一体どのように核内に存在するのか、興味があります。 こういった挙動を示す他に例のあるタンパク質がありましたら、研究の参考にさせてもらえたらと思っています。 ご存知でしたらご教授頂けますと幸いです。 よろしくお願いします。

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