Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

イントロンの数を含めた遺伝子リスト トピック削除
No.7373-TOPIC - 2018/11/05 (月) 09:38:21 - INT
不慣れな領域のため頓珍漢な質問かもしれないんですが、ヒトの遺伝子リストで、各遺伝子mRNAのイントロンの数を列挙して一覧表示してくれるデータベースってあるものでしょうか?

この際全遺伝子ではなくても、著名なハウスキーピング遺伝子のみでもいいので、手作業で検索するのもありなのですが、何かスマートなやり方がないものかと気になりました。

情報お持ちの方がいらっしゃいましたら、アドバイスいただけると大変幸いです。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



4件 ( 1 〜 4 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.7373-4 - 2018/11/06 (火) 07:52:54 - R
がんばってください。

macかwindowsでも仮想デスクトップでlinuxを入れたりして、
コマンド処理できると加工できると思います。

お近くに次世代シーケンサーのインフォマティシャンがいれっしゃれば、
相談されると良いです。

あまりスマートではないかもしれませんが、
こういうやり方もあると言うことで。

(無題) 削除/引用
No.7373-3 - 2018/11/06 (火) 03:14:20 - INT
遅くなりましたが、Rさんどうもありがとうございます。

そもそもGTFファイルが何かすら知らなかったんですが、ゲノム情報ファイルなんですね。38 MBでダウンロードした圧縮ファイルを解凍したら808 MBのファイルが生成されたんですが、テキストエディタで開いたらでかすぎてエディタが落ちちゃいました(笑)

Perl等の知識は皆無ですが、このデータをもとに色々見てみようと思います。

有益な情報、どうもありがとうございました!

(無題) 削除/引用
No.7373-2 - 2018/11/05 (月) 10:55:58 - R
ご自身で作成可能と思うよ。

https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/gtf.html

イントロンの数を含めた遺伝子リスト 削除/引用
No.7373-1 - 2018/11/05 (月) 09:38:21 - INT
不慣れな領域のため頓珍漢な質問かもしれないんですが、ヒトの遺伝子リストで、各遺伝子mRNAのイントロンの数を列挙して一覧表示してくれるデータベースってあるものでしょうか?

この際全遺伝子ではなくても、著名なハウスキーピング遺伝子のみでもいいので、手作業で検索するのもありなのですが、何かスマートなやり方がないものかと気になりました。

情報お持ちの方がいらっしゃいましたら、アドバイスいただけると大変幸いです。

4件 ( 1 〜 4 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。