Bio Technical フォーラム

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ゲルシフトアッセイ トピック削除
No.7675-TOPIC - 2019/02/11 (月) 19:30:38 - 中村けん
ある細胞株において、NFkBをsiRNAでノックダウンすると、PAX8の発現が下がることがわかりました。
次の段階として、NFkBとPAX8が直接関係してるかどうかを確認したいのですが、これはゲルシフトアッセイになりますでしょうか?その場合は何が必要になりますでしょうか。NFkBはコンセンサスオリゴヌクレオチドが販売されていますが、これでよいのでしょうか。

それともルシフェラーゼアッセイでしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.7675-2 - 2019/02/12 (火) 05:16:20 - おお
>NFkBはコンセンサスオリゴヌクレオチドが販売されていますが、これでよいのでしょうか。

NFkBがKDされて、NFkBのコンセンサス配列への結合活性が下がるのは当然でPAX8を制御している証明にはなりませんよ。

ゲルシフトアッセイやルシフェラーゼアッセイは手段としてあなたの実験に使える手法ですが、実験デザインを考えるべきです。この手の実験は常套手段がありますが、他の人が考えないような手法を取るなら場合によっては論文の価値も上がるので、直接こうすればいいというのは控えます。

ところでゲノムワイドでNFkB結合領域をみたというデーターは発表されていそうな気がしますがどうでしょうか?

ゲルシフトアッセイ 削除/引用
No.7675-1 - 2019/02/11 (月) 19:30:38 - 中村けん
ある細胞株において、NFkBをsiRNAでノックダウンすると、PAX8の発現が下がることがわかりました。
次の段階として、NFkBとPAX8が直接関係してるかどうかを確認したいのですが、これはゲルシフトアッセイになりますでしょうか?その場合は何が必要になりますでしょうか。NFkBはコンセンサスオリゴヌクレオチドが販売されていますが、これでよいのでしょうか。

それともルシフェラーゼアッセイでしょうか。

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