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2 way ANOVAの事後検定 トピック削除
No.8072-TOPIC - 2019/07/12 (金) 11:49:41 - さつまいも
現在、薬剤の有無、食事内容の2要因の2×4で2 way ANOVAを行っております(どちらの要因も対応がない)。

群間比較としてDunnettを使って、コントロール食との比較をしています(食事要因)。

事後検定として2 way ANOVAだとBonfferoniが代表的だと思いますが、全部比較したい訳ではなくコントロール食(薬剤の有無別に)と比較したいと考えています。

このような場合だとどのような検定方法があるのでしょうか。

統計について理解できてないとこもあり、分かり辛いかもしれませんがよろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.8072-11 - 2019/07/13 (土) 08:20:33 - おお
>検出力も見ましたが0.6

Post hocで検出力も添えとくとよりいいでしょうね。

(無題) 削除/引用
No.8072-10 - 2019/07/13 (土) 07:46:16 - さつまいも
おっしゃる通りです。
今回の実験は先輩の実験で、使わない臓器を私が解析したということで、不要な群もあったというのが正直なところです。
検出力も見ましたが0.6くらいで、こればかりはしょうがないですし、この実験の限界としか言えません。
とりあえず、いい経験となりました。今後の方向性を考えるにはいいデータでしたので。

(無題) 削除/引用
No.8072-9 - 2019/07/13 (土) 07:38:19 - おお
>n=8です。
ノンパラを考えたのですが、ちょっと検出力がでなさそうですね。

有意水準にギリギリで達しないということですが、従来の統計的検定はデザインの段階でそのデザインで差があるものは有意差がでるようにするものですから、検定の段階であれこれ手を変えるのはタブーです。

ただ新しい知見をみいだぞうという基礎研究では参考ていどに検定をやることも多く従来の検定の枠を超えた使い方をしているのも確かです。その上で、例えば同じ論文で同じような比較をしているのに、両者で検定方法がちがうとなぜその検定方法を選んだのかという理由付が苦しくなります(明らかにそれぞれの実験で有意差がでる検定を選んでるだろうとみられます)。そういう意味でやり方は最初から決めておいたほうがいいし、それで有意差がでなかった場合はp値を提示して、その他の実験の状況から差があるといえるだろうという(検出力が弱いので差が出なかった)話にするか、nを増やして検出力を上げるのがいいと思います。

(無題) 削除/引用
No.8072-8 - 2019/07/13 (土) 07:36:57 - さつまいも
あるにはありそうですね。
Rでできないか調べてみます。
ありがとうございます。
いいのが出てきたらここでご報告させていただきます。

(無題) 削除/引用
No.8072-7 - 2019/07/13 (土) 07:15:20 - おお
Prism can perform either Tukey or Dunnett tests as part of one- and two-way ANOVA.

https://www.graphpad.com/guides/prism/7/statistics/index.htm?stat_the_methods_of_tukey_and_dunne.htm

やり方はありそうですね。

(無題) 削除/引用
No.8072-6 - 2019/07/13 (土) 06:58:19 - さつまいも
n=8です。

(無題) 削除/引用
No.8072-5 - 2019/07/13 (土) 06:15:34 - おお
nはどれくらいですか?

(無題) 削除/引用
No.8072-4 - 2019/07/13 (土) 06:06:22 - さつまいも
解答ありがとうございます。

ANOVAとボンフェローニは使う統計量が違うのでよく生物学でされているANOVA→Tukey/bonfferoniは必要ないと言われてますが、多重性の問題とは別だと思います。

p=0.052とか、0.06とかが多発しててpost hocでduneett的なのを使えれば差が出るかなと思っていました。
SPSSを使っていますが、Rでもいいのでどなたか方法さえ分かればと、、、、

(無題) 削除/引用
No.8072-3 - 2019/07/13 (土) 04:40:21 - おお
>ボンフェローニ補正は別に考えうる全てのペアで比較というわけでなくて(もちろんそれが必要ならしてもいいけど)、自分で決めたペアについて比較してそのペア数によって有意水準を調整するのだと思うけど違うかな?。

たぶんソフトのパッケージでAnova Post hocでボンフェローニ使うとどれとどれの比較を指定できないのだと思います。結果もT検定後ボンフェローニ補正と違う数値を返してくるのでAnovaでのパラメーターを使っているんだろうと思いますし、そうすると補正し直すのができるのかもわからないし(詳しい人のコメントがあればと)。

どれとどれを比較すると指定できないなら、どの方法でも多分全ての比較になってしまうと思います。Anovaはしておいて、群間比較はDunnettで処理するのも手かと思います。

(無題) 削除/引用
No.8072-2 - 2019/07/13 (土) 04:05:33 - rghn
ボンフェローニ補正は別に考えうる全てのペアで比較というわけでなくて(もちろんそれが必要ならしてもいいけど)、自分で決めたペアについて比較してそのペア数によって有意水準を調整するのだと思うけど違うかな?。
ボンフェローニ補正とかダンネット検定の場合はANOVAはする必要ないというか、2回検定繰り返すことになるのでむしろするとよくないともうけど。two-wayとかになると事情が違うのかな?

2 way ANOVAの事後検定 削除/引用
No.8072-1 - 2019/07/12 (金) 11:49:41 - さつまいも
現在、薬剤の有無、食事内容の2要因の2×4で2 way ANOVAを行っております(どちらの要因も対応がない)。

群間比較としてDunnettを使って、コントロール食との比較をしています(食事要因)。

事後検定として2 way ANOVAだとBonfferoniが代表的だと思いますが、全部比較したい訳ではなくコントロール食(薬剤の有無別に)と比較したいと考えています。

このような場合だとどのような検定方法があるのでしょうか。

統計について理解できてないとこもあり、分かり辛いかもしれませんがよろしくお願いします。

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