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リアルタイムPCR プローブ設計 トピック削除
No.8076-TOPIC - 2019/07/12 (金) 15:46:07 - qPCR初心者
リアルタイムPCRのプローブを設計したいのですが、
ネット上で設計条件を探してもなかなか出てきません。

プライマーの設計条件の情報は多いのですが、
一般的にプローブを設計する際の条件はなにがあるのでしょうか。

初歩的質問で申し訳ないのですが、ご教授頂けませんでしょうか。
 
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No.8076-7 - 2019/07/16 (火) 14:22:45 - qPCR初心者
SYBR masterさん、ご回答ありがとうございます。

ご返信遅くなり、申し訳ありません。

プローブの基本的な設計条件、
設計支援用のサイトまで教えてくださり、ありがとうございます。

教えて頂いた条件も併せてプライマープローブを設計して、
まずは、予備実験に取り掛かかってみます。

ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.8076-6 - 2019/07/13 (土) 09:34:28 - SYBR master
基本的には、
1. probeが付くstrandに対するprimerより、Tmは少なくとも5度,可能なら8度以上、高く設定 primerより早くstrandにアクセスさせるため
primerのTmが58-60度、probeのTmは68-70度が理想
2. 可能な限りPCR productsの中央に設定
3. exon-exon junction上に設定
4. 長さに制限があったかどうか覚えてません。

primer3でも設定できますが、
理研が開発した設計支援用のサイトもあります。
edesign primerで検索してみてください。

reference
PLOS ONE, doi: 10.1371/journal.pone.0146950

どちらが優れているかは、基本TaqManは行わないので、これまで使ったことありませんので、よく解らないです。

(無題) 削除/引用
No.8076-5 - 2019/07/13 (土) 08:30:39 - qPCR初心者
おおさん、ご返信ありがとうございます。

論文のURLもありがとうございます。
読んでみようと思ったのですが、オープンアクセスではないので現在は読めませんでした。

書き忘れていましたが、設計しようとしているプローブは、TaqManプローブです。
SYBR Greenのプローブは使用しません。

(無題) 削除/引用
No.8076-4 - 2019/07/13 (土) 08:26:19 - qPCR初心者
ふらいむさん、ご返信ありがとうございます。

これはプライマーの条件だと思われるのですが、プローブもプライマーと同じような条件を考慮したらよろしいのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.8076-3 - 2019/07/13 (土) 05:27:15 - おお
https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-2365-6_3

qPCRのプローブって色んな種類がなかったっけ、、、

(無題) 削除/引用
No.8076-2 - 2019/07/12 (金) 22:24:20 - ふらいむ
ここらへんを読んでおけば概ねポイントは押さえられるかと。

http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100004242

リアルタイムPCR プローブ設計 削除/引用
No.8076-1 - 2019/07/12 (金) 15:46:07 - qPCR初心者
リアルタイムPCRのプローブを設計したいのですが、
ネット上で設計条件を探してもなかなか出てきません。

プライマーの設計条件の情報は多いのですが、
一般的にプローブを設計する際の条件はなにがあるのでしょうか。

初歩的質問で申し訳ないのですが、ご教授頂けませんでしょうか。

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