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(無題) 削除/引用 No.8261-6 - 2019/09/23 (月) 16:26:55 - asan >そもそもnegative siRNAを用いず、lipofectamin(RNAiMAX)とそれを溶かす培地（OPtiMEM)だけでは、毒性の確認はできないのか。 その”副作用”も含めたネガティブなコントロールがcontrol siだと思います。 ＞この場合（negative siRNA抜き）、どのような効果が起こり得るのか。 どのような効果が起こり得るか、と言われてもそんなんやってみなきゃ知らんがな、と思いますが。それをいっては元も子もないですが、実験なんて変動するパラメーターは無数にあるのだし、それによって起こりうる結果の解釈の”罠”だって無数にあると言えばあるのだが、時間と労力と資源は有限なのでね。その辺を効率的に過不足ないところから詰めていくのが研究のセンスの見せ所でもあるのでは？ ってか、さすがに、わざと出ないならばもうちょっと的を得た質問の仕方をしたほうがいいとおもいますよ。内容というよりも、質問の仕方がね、、、。

(無題) 削除/引用 No.8261-5 - 2019/09/21 (土) 20:20:36 - siRNA乙 controlに使うsiRNAだね。　一番いいのはスクランブルって言ってね、KD用のsiRNAと、その塩基組成は変えずに、配列だけぐちゃぐちゃに変えた物だけどね。でも、メーカーとかだと、専用の出来合いのcontrol siRNA（データベースを元にして理論的にいかなるmRNAともくっつかないはずという配列のsiRNA)を作って売ってたりする。ヌクレオチドもね、冷静に考えればそれ自体物質としては陰イオンのリン酸と糖のポリマーだからね、結構極端な性質の化合物なわけで遺伝子のKDとは関係ないところで細胞の機能に何か影響するかも知れないしね、細胞によってはPAMP/DAMPと認識してPPRとか介して炎症とかのシグナル伝達経路が動くかも知れないし。 なので、見ているその現象が本当にそのgeneの発現のKDの結果として起きたものか、じゃなくて全然関係ない原因で起きたものかを識別するには大事と思う。OptMEMだけじゃそういうのがわからないから、うっかりぬか喜びして、痛い仮説立てて変な方向に迷走してそれで２、３ヶ月無駄にするかも知れないしね。みんなそんなこと自分じゃなかなか言わないからわかんないけど、そんな感じの失敗例はうちらが思う以上に割とよく起きてると思う。

(無題) 削除/引用 No.8261-4 - 2019/09/21 (土) 01:53:33 - TK-1 dicerなどのprocessing complexに乗らないと厳密なコントロールにはならないので、時々使われているscrambled siRNAなんていうのはあんまりよくない時もある。なので、GFPやLuciferaseなどの細胞には出ていないけど配列を標的にするけど、ちゃんとprocessされるコントロールのほうがいいんでしょう。

(無題) 削除/引用 No.8261-3 - 2019/09/21 (土) 01:17:48 - おお 発現ベクターを導入するときにも、ネガティブコントロールとしてからのベクターあるいはGFPなどを使いますよね。 ＞この場合（negative siRNA抜き）、どのような効果が起こり得るのか。 そうおっしゃっているのですから、どのような結果をもたらすか未知である場合は条件はなるべく比べるものと酷似させるべきではないかと思います。 もちろんsiRNA抜きでの詳しい知見がもしかしたらあるかもしれないという質問とは理解しておりますが、 siRNA一時は使ってましたがそんなに経験は蓄積してませんが、lipofectaminなどの試薬は核酸がないときとある時で毒性などいくらか細胞に与える影響が変わってくるような気がしてます。核酸とのレシオでも導入効率が変わるわけですから細胞側もレシオで違う反応を見せているともいえます。

(無題) 削除/引用 No.8261-2 - 2019/09/20 (金) 18:57:11 - AP negative siRNAというtermはあるんですかね？ あなたにしか、あるいはあなたの周辺でしか通じない言葉だったりしない？ 配列だけが異なり物質としては同じもの、siRNAと同等の構造と物性をもったRNAを入れたほうがいいというのは、理屈からというか、感覚的にというか、理解はできるでしょう。 配列に関係なく短い二重鎖RNAによって惹起される未知の現象があって、たまたま着目している生命現象に干渉したり紛らわしいものであったりするかもしれない。 RNAiの応用の初期のころには、配列非特異的に二重鎖RNAによって惹起される自然免疫系の反応（そのころはまだ理解されていなかった）が標的遺伝子の責任であると見誤られたことがなかったとは言えない。

siRNA実験におけるnegative siRNA 削除/引用 No.8261-1 - 2019/09/20 (金) 17:06:25 - あたま 素朴な疑問なのですが、siRNAの効果を検討する際にコントロ―ルとしておく、negative siRNAですが、 そもそもnegative siRNAを用いず、lipofectamin(RNAiMAX)とそれを溶かす培地（OPtiMEM)だけでは、毒性の確認はできないのか。 この場合（negative siRNA抜き）、どのような効果が起こり得るのか。

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