お世話になっております。
現在、界面活性関連の実験をしていて、界面活性作用のあるペプチドを設計したいと思っています。界面活性以外の物性はあまり重視していませんのでできるだけ単純なものを考えています。
両親媒性のαヘリックス構造になるように設計しようと考えておりますが、これまでそういったペプチドの設計をしたことがないので合成する前に正しい方法かどうかをご教示いただきたいと思った次第です。
1. 使用するアミノ酸は界面活性作用以外の物性は気にしないので、αヘリックス構造を作りやすいA(アラニン、疎水性)、E(グルタミン酸、親水性)の2種類のみ
2.pepwheelのようなツールを使って、半分の面(50%)がA(疎水性)もう半分の面(50%)がE(親水性)が集中するように 20個程度ヘリックスホイールに当てはめて並べる
という感じで合っていますでしょうか。
作成した配列をオンラインツールのpeptide property calculator を使って簡単に構造予測すると、αヘリックスとして予測されるのですが、PCに入れているChem3Dを使って描写すると、αヘリックス構造として描写されないので、若干不安に思っております。
両親媒性αヘリックス構造のペプチドを作るためにアミノ酸の親水性・疎水性、アミノ酸のヘリックス構造の取りやすさ、配置のほかに何か考慮した方が良い要素などがあるのでしょうか。
ご教示よろしくお願いいたします。 |
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