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(無題) 削除/引用 No.8736-5 - 2020/03/30 (月) 08:50:37 - YH PDBePISA https://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/cgi-bin/piserver ならPDB番号打ち込むだけで、簡単に情報が取得できますよ。

(無題) 削除/引用 No.8736-4 - 2020/03/28 (土) 00:27:04 - WInter-8 相互作用解析ソフトLigPlotを使うと良いです。 PDB座標データからリガンドの相互作用部位を図示するために使うソフトですが、DNA・RNAにも使えます。 ただ、結晶構造の場合、隣接する別の分子との相互作用なども検出されてしまうので、PyMolで表示して構造を直接確認することをお勧めします。

(無題) 削除/引用 No.8736-3 - 2020/03/27 (金) 14:47:17 - 鈴木 おおさん、返信ありがとうございます。 はい、構造が解けているものです。 PDBファイルから立体構造をおこすソフトでも良いのですが、立体構造を取得しなくてもどの塩基とアミノ酸配列が結合するのかを知れるソフトで大丈夫です。

(無題) 削除/引用 No.8736-2 - 2020/03/27 (金) 06:32:47 - おお PDBのファイルがあるって事は構造が解けているって事ですよね。。。PDBファイルから立体構造をおこすソフトを探しているって言う事ですか？

DNA/RNAとタンパク質がどこで結合するのかを調べたい 削除/引用 No.8736-1 - 2020/03/26 (木) 23:17:46 - 鈴木 DNA/RNAとタンパク質がどこで結合するのかを調べたいです。 PDBではDNA-タンパク質 or RNA-タンパク質複合体の配列情報しかわかりませんが、自分は配列情報だけでなく、どの塩基とアミノ酸配列が結合しているのかを調べたいです。 何か良いツールはありませんか？

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