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全ゲノムシーケンスデータ ダウンロード場所 トピック削除
No.8744-TOPIC - 2020/03/31 (火) 13:20:03 - Shellfish
全ゲノムシーケンスデータはどこでダウンロードできるのでしょうか。
NCBIでダウンロード可能なものなのでしょうか。
貝類の全ゲノムデータを取得したいです。

試しにNCBIで、全ゲノム解析が完了しているアコヤガイで検索したところ、
240万bp程度のデータしか出てきませんでした。
他のデータベース、もしくは特定のデータで検索すべきなのでしょうか。

初歩的な質問かもしれませんが、よろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.8744-2 - 2020/03/31 (火) 14:22:01 - ちき
NCBIのassemblyの下を"mollusks"で検索すると60種ぐらいあるように見えます。Assembly levelはまちまちですが。

アコヤガイ属でここに載っているのは、P. imbricata (約990Mbp, coverageは150x)ですね。P.fucata (imbricataと同じ種?)はOISTにGenome browserがあるようです。
https://marinegenomics.oist.jp/pearl/viewer?project_id=36

全ゲノムシーケンスデータ ダウンロード場所 削除/引用
No.8744-1 - 2020/03/31 (火) 13:20:03 - Shellfish
全ゲノムシーケンスデータはどこでダウンロードできるのでしょうか。
NCBIでダウンロード可能なものなのでしょうか。
貝類の全ゲノムデータを取得したいです。

試しにNCBIで、全ゲノム解析が完了しているアコヤガイで検索したところ、
240万bp程度のデータしか出てきませんでした。
他のデータベース、もしくは特定のデータで検索すべきなのでしょうか。

初歩的な質問かもしれませんが、よろしくお願い致します。

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