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ZEISSのcziファイルのスケールバーについて トピック削除
No.8827-TOPIC - 2020/05/07 (木) 21:02:11 - たこやきくん
研究室に入りたての新人です。

早速ですが、質問です。
ZEISSのcziファイルをimageJ Fijiで開いて、スケールバーを出したときのスケールバーはどれほど正しいものなのでしょうか?論文等に写真を使用する際、対物・接眼ミクロメーターでのキャリブレーションは必要なのでしょうか?

ZEISSの顕微鏡で撮影した画像ファイルはcziファイルといいますが、ZEISSのホームぺージを見る限り、cziファイルにはキャリブレーション情報やスケール等のメタデータが含まれているようです。

ご回答よろしくお願いします。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.8827-6 - 2020/05/25 (月) 23:46:36 - たこやきくん
皆さま、ご回答ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.8827-5 - 2020/05/12 (火) 13:57:32 - wwn
顕微鏡各社はそれぞれの対物レンズの倍率やN.A、デジタルズーム倍率や取得画素数などからスケールを計算しています。もちろん自前のソフトでスケールバーを表示する際にはこの値をもちいています。また、これらはメタデータとして独自フォーマットおよびtiffファイルなどに保存されます。
Fijiでcziファイルを読み込む場合、おそらくはbioformatsを使用していると思います。これはcziなどの各顕微鏡会社のファイルにあるメタデータを画像ファイルと同時に読み込んでImageJに格納します。このときbioformatsがうまく読み込めていなければ全く違う値になりますが、スケールに関しては気になったことはありません。ただし、ImageJは設計が古いので内部的にはdoubleよりもfloatで計算していることが多いです。このため、元のデータがdoubleであった場合にはもしかすると若干の誤差が出るかもしれません。(意味のある誤差とは思えないですが)。
この問題よりも、対物レンズを交換した際に顕微鏡のソフトでうまくそのレンズを自動認識していない場合や手動で変更する必要がある場合に情報が前のレンズのままであったために取得した画像のスケールがおかしくなることがありますので、レンズ交換の際はこの点もお気をつけください。

(無題) 削除/引用
No.8827-4 - 2020/05/11 (月) 11:31:22 - AA
Cziファイルをfijiで、ということはMacユーザーでしょうか。
不安があればZENを使える環境で開けてスケールバーを入れ、比較してはどうでしょうか。
Zeissのソフトは対物レンズや顕微鏡の設定などをもとに校正していますので、値の正確性を脇においたとしても根拠は十分にある数値だと思います。

ちなみにこういう言い方は良くないとは思いますが、
挿入されるスケールバーが真に正確である必要性はないと思います。
当然、あまりに真実と異なる数値が出るのであれば困りますが、
例えば10マイクロメートルの表示が本当は11マイクロメートルであったとしても、
対照をおいて比較している以上、得られる情報の質に差は生じません。
基準の面積などの実測値を比較する場合であったとしても基準が同じなのであれば問題はありません。

(無題) 削除/引用
No.8827-3 - 2020/05/08 (金) 17:38:49 - 所有者
こう言っては元も子もないかも知れませんが、こんなところでアテにならない素人のウンチクを聞くよりも zeiss のカスタマーサポートに一発メールした方が早く正確な回答が得られると思います。zeiss は親切ですよ。

(無題) 削除/引用
No.8827-2 - 2020/05/07 (木) 22:38:49 - qq
血球計算板なりで画像を撮ってみると良いのではないでしょうか?

ZEISSのcziファイルのスケールバーについて 削除/引用
No.8827-1 - 2020/05/07 (木) 21:02:11 - たこやきくん
研究室に入りたての新人です。

早速ですが、質問です。
ZEISSのcziファイルをimageJ Fijiで開いて、スケールバーを出したときのスケールバーはどれほど正しいものなのでしょうか?論文等に写真を使用する際、対物・接眼ミクロメーターでのキャリブレーションは必要なのでしょうか?

ZEISSの顕微鏡で撮影した画像ファイルはcziファイルといいますが、ZEISSのホームぺージを見る限り、cziファイルにはキャリブレーション情報やスケール等のメタデータが含まれているようです。

ご回答よろしくお願いします。

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