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qPCRの実験計画 トピック削除
No.9215-TOPIC - 2020/10/12 (月) 20:46:38 - dell
初めてqPCRを行う計画を立てています。
4種の試料の遺伝子Aの発現量を比較したいと思っています。
内在性コントロールを使用して、比較Ct法でアッセイをしたいのですが、比較Ct法が成立する条件(@PCR効率がほぼ同等である、APCR効率が1に近い)はどのように確認したらよいのでしょうか。

@はいくつかの希釈サンプルを作って検量線を作成し、その傾きが同じであるかを確認する

と考えますが、ここで検量線を作成するのであれば、検量線を用いた相対定量との差がよく分からなくなってきました。

根本的な原理の理解不足かもしれませんが、ご教授いただけますと幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.9215-9 - 2020/10/14 (水) 16:03:34 - asan

検量線を作るのはあくまで濃度比のわかってるサンプルで線型性を確認した上で、その検量線の範囲においてサンプル量を相対的に見積もっていると言うことです。WBのタンパク定量や、様々な比色アッセイで絶対量比較をしない場合でも生化学的実験ではそのような方法はよく使われます。 絶対定量が必要な場合は絶対量がわかってる表品が必要になりますが、相対定量の場合は不要です。


ddCT法は検量線を引かずに、理想的なプライマーであるとの”仮定”のもとで比較条件によって量が変動しないと思われるインターナルコントロールの変化量で補正してその時の条件によって生じる目的DNAの変化量を相対評価する方法です。
理想的なプライマーが何かという話になってくるとややこしいのですが、ddCt法の元論文は複数回検量測定をしてプライマーの増幅率が100%に近いことを”確認した上で”となっていますが、現実的にはこれが厳密に守られてるかと言われると結構主観的な部分が大きいので、一般論としては少なくとも一度は検量線を引いて目的サンプルのCt値の範囲内でほぼ100%の増幅率であることを確認したものを用いるといった使い方をしてる人が多いと思います。ただ、厳密に言うと、増幅率はサンプルの調製の仕方やサンプル自体の混入物などにも影響するのでその時のサンプルで本当にそうであるかは微妙なケースもありますから差が微妙なサンプルでは注意した方がいい場合もあります。

ちなみに、理論上はプライマー固有の増幅効率がわかれば増幅率が100%出なくてもddCT法のようなことはできないわけではないですが、原理上プライマーが2^nで増幅することは自然なのに対して、増幅効率がそうでない場合(これよりも悪い場合が多い)は、プライマー固有でなくとも色々な理由が考えられるため、仮に毎回安定して増幅効率が30%だとしてもそれを仮定してddCt法のような横着をすることは合理的な理論がないので不適切だと言う認識だと思います。ゆえに、あくまで理論上の理想的なプライマーを仮定した時にプライマーが理想的な増幅率を示すことを条件にやってる方法だと思います。

(無題) 削除/引用
No.9215-8 - 2020/10/14 (水) 09:54:12 - おお
なにを確認しようとしているのかいまいちよくわからん。
一度具体的な方法論まで書いてあるものを読んでください(前にも書いたけど)。

(無題) 削除/引用
No.9215-7 - 2020/10/13 (火) 17:00:26 - dell
おおさま

>そんな事できますか?プライマーがスペシフィックなのに違う遺伝子がなぜ増えるのでしょうか?

仰る通りです。そんなことできませんでした。


比較Ct法は検量線を引かなくてもよいので、時間や試薬の短縮という利点があるようですが、これは、「各サンプルごとに検量線を引かなくてよいから」という理解で合っていますでしょうか。

検量線法では遺伝子Aの発現量を比較するのに、サンプル1、2、3、4・・とそれぞれで検量線を作成する。

一方、比較Ct法では、目的遺伝子と内在性遺伝子の検量線を始めに1度作成し、条件を満たしていれば、サンプルごとに検量線を作成せずに、内在性遺伝子の発現量をもとに計算する。

という理解で正しいでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.9215-6 - 2020/10/13 (火) 16:26:26 - おお
>[Re:5] dellさんは書きました :
> おおさま
>
> ありがとうございます。
>
> >>絶対値が不明なスタンダード
> というのは、内在性遺伝子や目的遺伝子以外の遺伝子(スタンダード)を使用するのでしょうか。

そんな事できますか?プライマーがスペシフィックなのに違う遺伝子がなぜ増えるのでしょうか?

例えば高発現しているサンプルのcDNAを希釈していくと立派にスタンダードになります。
PCR Productsやその遺伝子がクローニングされているプラスミドでも検量線はかけます(RTからの効率を加味していないという点において絶対量の見積もりという点では弱いので相対的と見たほうがいいということはあります)。

(無題) 削除/引用
No.9215-5 - 2020/10/13 (火) 11:49:50 - dell
おおさま

ありがとうございます。

>>絶対値が不明なスタンダード
というのは、内在性遺伝子や目的遺伝子以外の遺伝子(スタンダード)を使用するのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.9215-4 - 2020/10/13 (火) 11:06:43 - おお
dCtで比較しても絶対値が不明なスタンダードをおいても、相対的です。
dCtで比較ができるのは増幅効率が同じとき(理想的には100%のとき)です。

(無題) 削除/引用
No.9215-3 - 2020/10/13 (火) 10:07:30 - dell
おおさん

ありがとうございます。
ご提示いただいたサイトで傾きを入力すると、効率が確認できるということですね。

相対定量と比較Ct法の違いの理解不足でした。
相対定量はスタンダードサンプルが必要ということで合っていますでしょうか。
比較Ct法は、上記の条件を満たせば、スタンダードサンプルを準備せずに、内在性遺伝子の発現量から補正して、目的遺伝子の発現量を比較するということですね。

(無題) 削除/引用
No.9215-2 - 2020/10/13 (火) 00:40:05 - おお
https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library/thermo-scientific-web-tools/qpcr-efficiency-calculator.html

一度詳しく解説がある本などをお読みください。

>@はいくつかの希釈サンプルを作って検量線を作成し、その傾きが同じであるかを確認する

傾き自身が効率を表してます。同じであっても効率が100%とは言えません。

>ここで検量線を作成するのであれば、検量線を用いた相対定量との差がよく分からなくなってきました

何をいっているのかわかりません.
検量線が絶対量ベースなら割り出される量も絶対量ですし、検量線が相対的であっても比較は成り立ちます。

qPCRの実験計画 削除/引用
No.9215-1 - 2020/10/12 (月) 20:46:38 - dell
初めてqPCRを行う計画を立てています。
4種の試料の遺伝子Aの発現量を比較したいと思っています。
内在性コントロールを使用して、比較Ct法でアッセイをしたいのですが、比較Ct法が成立する条件(@PCR効率がほぼ同等である、APCR効率が1に近い)はどのように確認したらよいのでしょうか。

@はいくつかの希釈サンプルを作って検量線を作成し、その傾きが同じであるかを確認する

と考えますが、ここで検量線を作成するのであれば、検量線を用いた相対定量との差がよく分からなくなってきました。

根本的な原理の理解不足かもしれませんが、ご教授いただけますと幸いです。

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