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ペプチドの親水性の予測 トピック削除
No.9524-TOPIC - 2021/02/19 (金) 18:22:11 - はののん
ペプチドが親水性か疎水性であるかを予測できるソフトとかありますでしょうか?
 
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No.9524-8 - 2021/02/24 (水) 10:31:29 - はののん

二人の方々、ご教授ありがとうございます。
読んでみます。

(無題) 削除/引用
No.9524-7 - 2021/02/23 (火) 10:17:45 - おお
https://link.springer.com/article/10.1023/A:1016257220102
ここに計算方法が書かれてますね。

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No.9524-6 - 2021/02/22 (月) 18:43:30 - c vgbhjki
5残基以下ならばツールを使うまでもなくアミノ酸見れば自分で判断できるのではないかと。

(無題) 削除/引用
No.9524-5 - 2021/02/22 (月) 17:55:09 - おお
https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrophilicity_plot

各アミノ酸のスコアが載ってます。これで大体正にふれるか負にふれるかである程度わかると思います。問題はC末、N末の評価かもしれませんが、ちょっと検索すればわかるんじゃないかな。

そもそも配列をみれば疎水性のペプチドがどの程度あるかわかると思いますが、、、

(無題) 削除/引用
No.9524-4 - 2021/02/22 (月) 17:00:24 - はののん
ご助言ありがとうございます。
これは6残基以上しか対応してないと記載されており、低分子のペプチド5残基以下の解析は別のサイトを利用しないといけないでしょうか。

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No.9524-3 - 2021/02/19 (金) 22:13:46 - c vgbhjki
Hydrophobicity plotとかcaliculatorとかで検索すれば計算サイトが色々あるよ。ProtScale-ExPASyとか。   配列をコピーペーストすればscoreとかもついてすぐわかる。

(無題) 削除/引用
No.9524-2 - 2021/02/19 (金) 18:44:32 - Sosui
Sosuiがオススメ

ペプチドの親水性の予測 削除/引用
No.9524-1 - 2021/02/19 (金) 18:22:11 - はののん
ペプチドが親水性か疎水性であるかを予測できるソフトとかありますでしょうか?

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