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(無題) 削除/引用 No.118-4 - 2009/03/05 (木) 16:53:14 - こうじ 回答ありがとうございました 早速DeepViewを試してみました。 動かすには慣れが必要ですね。 コメント、参考にさせていただきます。

(無題) 削除/引用 No.118-3 - 2009/03/03 (火) 17:06:22 - A ｆさんがおっしゃるようにモデルがそんざいするのであればモデリングを おこなうソフトでアミノ酸置換を行なうことによってある程度のモデルは 作成できるはずです。ただ精密化となると通常の構想解析のデータの解析 の様なモデルの組み立てにある程度の制限を加えることが出来ませんし、 タンパク質の構造に大きな影響を与える水の影響を含めることが出来ま せんからいわるゆる精密化ソフトを使っても構造が崩れていくだけで終わる かと思います。ですからアミノ酸置換を行なった時点で大体側鎖がこちらを向いているだろうぐらいしか予測できず何らかのデータの補足程度の議論 しかできないのではないかと思います。

(無題) 削除/引用 No.118-2 - 2009/03/01 (日) 23:10:26 - f Ｎ末がジスルフィドを持ってるテンプレートが存在しないのでしたら、 今、手元にある構造をDeepViewでいじれば良いと思います。タンパク質の エネルギーを最小化できる方向で、側鎖の向きを回転させたりと結構 なんでもできますよ。

立体構造予測 削除/引用 No.118-1 - 2009/03/01 (日) 22:49:01 - こうじ あるタンパクの立体構造を得られたデータを加味して モデリングしたいと考えています。 まず、SWISS-MODELなどでは相同性なしとして、はじかれてしまいます。 ただ、理研のFAMSBASEで、このタンパクは予測がなされていて 大まかな２次構造はこちらの手持ちデータ（CDやNMR）と似ているものでした。 この結果、テンプレートにできる結晶構造は得ることができたのですが、 次の問題が出てきました。 S-S結合を決定したところ、N末近辺にあるS-S結合が テンプレートではまっすぐ伸びているのです。 つまり、 −１−２−３−４− と直鎖状にモデリングされるのが 実際には１と４でS-S結合されているので ２−１− ｜　｜ ３−４− ふらふらしているように見えるN末を、こう曲げたいのです。 S-S結合を加味してこれらのデータ（PDBも含めて）からモデリングする 良い方法（ソフトウエア）ってないのでしょうか。 ずっとウェットな仕事ばかりしているので見当違いな話かもしれませんが、 コメントいただけたら幸いです。

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