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LCM用の凍結切片と染色可能なRNA stabilization reagent トピック削除
No.2706-TOPIC - 2010/06/09 (水) 05:49:00 - かーちゃん
human frozen sampleを用いてcryosectioning→rapid staining (on ice)→LCM (室温)→RNA isolationをやろうとしています。
そこでcryosectionをスライドグラス (PEN membrane glass slides) に貼り付けるのに室温に短時間置いて、またすぐクライオスタットに戻すとプロトコールにかいてあり、試すのを躊躇しています。
今考えているのは
1. そのままcryostat内に置いておく(←これでは貼り付かない?)
2. cryostat内でRNA stabilization reagentをちょっとかけて貼り付ける
3. on ice で貼り付ける
などです。RNAlater-ICEが使用できるかどうかメーカーに問い合わせたところ、blue dyeが含まれており、その後のstainingには不適切との回答でした。
近々室温+上記の3パターンを試してみるつもりですが、みなさんどのような方法で高品質のRNAを抽出なさっているのでしょうか?
 
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体温で 削除/引用
No.2706-4 - 2010/06/10 (木) 10:43:10 - ema
体温でとけるのでクリオスタット内で大丈夫です。薄いものなのですーっと溶けたら着きます。
完全にフレッシュ、というか”凍結”時がちゃんとしていれば2番のステップはなく早めに固定染色をしてやってしまっていいと思います。RNAlaterは高塩濃度のため組織がくしゃっっとなるので形態学的にも勧めません。品質が悪いって言う時は、切っている時がというよりその前の組織凍結がだめなパターンが多いです。まあ、染色もキーポイントですが。
PALMのmicrodissectionを使用してますが、前処理OKで切る時間が1時間とかならRINだいたい7くらいはキープできます。

早速試してみます 削除/引用
No.2706-3 - 2010/06/10 (木) 00:39:27 - かーちゃん
コメントどうもありがとうございます。早速試してみようと思います。スライドグラスの裏を指でなでるのはクライオスタット内部で行うのでしょうか?

参考程度ですが・・・ 削除/引用
No.2706-2 - 2010/06/09 (水) 12:49:59 - bluehornet
凍結切片の貼り付けに関してですが、切片をcryostat内で予冷しておいたスライドグラス上にうまく進展した状態で乗せることができれば、スライドグラスの裏側を指でなでてやれば熱が伝わりコンパウンドが溶けて張り付きますよ。ただし、コンパウンドが溶ける程度の温度上昇があるので、これがどの程度RNAの品質に影響を与えるかはわかりませんので、できれば予備実験をした方がいいと思います。

LCM用の凍結切片と染色可能なRNA stabilization reagent 削除/引用
No.2706-1 - 2010/06/09 (水) 05:49:00 - かーちゃん
human frozen sampleを用いてcryosectioning→rapid staining (on ice)→LCM (室温)→RNA isolationをやろうとしています。
そこでcryosectionをスライドグラス (PEN membrane glass slides) に貼り付けるのに室温に短時間置いて、またすぐクライオスタットに戻すとプロトコールにかいてあり、試すのを躊躇しています。
今考えているのは
1. そのままcryostat内に置いておく(←これでは貼り付かない?)
2. cryostat内でRNA stabilization reagentをちょっとかけて貼り付ける
3. on ice で貼り付ける
などです。RNAlater-ICEが使用できるかどうかメーカーに問い合わせたところ、blue dyeが含まれており、その後のstainingには不適切との回答でした。
近々室温+上記の3パターンを試してみるつもりですが、みなさんどのような方法で高品質のRNAを抽出なさっているのでしょうか?

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