transwell上で培養する細胞の種類によると思います。 
上皮系や内皮系の細胞でtight junctionができていることを調べるのにtranwellを使いますよね。 
tight junctionが機能していれば、細胞内をtransportされる物質を除いて、タンパク質などは混ざるのに時間がかかるでしょうし、繊維芽細胞とかだと簡単に混ざってしまうでしょうね。 
異なる培地ということですが、DMEMとRPMI1640とかの違いで両方血清を当量いれているとかであれば、問題ないと思います。 
どちらかにだけ、増殖因子を入れている場合は考えた方がよいでしょう。 | 
      
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