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(無題) 削除/引用 No.2424-6 - 2010/05/28 (金) 11:53:50 - BGPC 質問の意図がつかめなかったのでもう一度回答します・・・ ランダムプライマーを用いた逆転写反応では、１つのＲＮＡの鋳型に対して何カ所もランダムプライマーが結合します。各プライマーから逆転写酵素による伸長反応が起き、他のプライマーが結合している部位まで伸長すると通常は反応が停止します。 通常の反応液組成では、３７℃の逆転写反応においてランダムヘキサマーどうしのダイマーなどはほとんど形成されず、ＲＮＡの鋳型の方へ強く結合します。もちろんランダムプライマーなので任意の場所に非特異的に結合して、あらゆる鋳型が逆転写されます。 ポリＡ配列を持たない可能性が高い原核生物のＲＮＡなどを鋳型に用いる場合は、オリゴｄＴプライマーではなくランダムプライマーを用います。ランダムプライマーを用いて定量的ＲＴ−ＰＣＲなどを行う場合には、各ＲＮＡの全長に近いｃＤＮＡを合成する必要があるため、鋳型となるＲＮＡ量を減らしたり、長い伸長反応に対応できる逆転写酵素を用いたりする必要があります。

(無題) 削除/引用 No.2424-5 - 2010/05/06 (木) 14:16:52 - 中年 鋳型の任意の６塩基に対して必ずそれと相補的なプライマーがあったとしても、プライマー全体に占めるその配列の割合は1/4,000程度（したがって濃度も1/4,000）ですので、任意の配列に必ずアニーリングが起こるためにはよほど長い時間掛かるのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.2424-4 - 2010/05/06 (木) 08:03:42 - む ランダムって言っておいて、完全にランダムってなんか変な感じがします。 そういう意味も込めて、ランダムなんじゃないかと。 そもそも、６塩基のTm値を計算してみれば、どれだけ低い温度なのかわかると思いますし、 実際PCRをするときはどのくらいの温度でしているかを考えれば、アニールする部分が多すぎるって思わないと思うのですが・・・。

(無題) 削除/引用 No.2424-3 - 2010/05/05 (水) 23:00:48 - BGPC 混合塩基部分の各塩基がそれぞれ等量含まれることを保証している業者もあります。もし心配であれば、そのような保証がある業者にプライマー合成を委託すれば良いと思います。 逆転写反応は３７〜４２℃付近で行うことが多いと思いますが、二本鎖のＤＮＡランダムヘキサマーでは最も安定な配列でも融解温度が３７℃よりもかなり低い温度になります。

私見 削除/引用 No.2424-2 - 2010/04/23 (金) 14:25:29 - chlh ある程度ばらつきはあるもののランダムな混合物だと思いますが、証明した人はいないのではないでしょうか。

ランダムプライマーの配列は完全にランダムなの？ 削除/引用 No.2424-1 - 2010/04/19 (月) 16:33:45 - 初心者 逆転写のプライマーとして使われるランダムプライマーについての初歩的な疑問なのですが、例えば６塩基のランダムプライマーが、各塩基の位置にA,T,G,Cが含まれている４の６乗種類の配列の混合物だとすると、鋳型の任意の６塩基の領域には、必ずそれと相補的なプライマーが存在することになりますよね。それではプライマーがアニールする部分が多すぎるように思うのですが、実際ランダムプライマーとして市販されているものは、そのような混合物なのでしょうか？

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