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(無題) 削除/引用 No.288-7 - 2009/04/08 (水) 10:37:43 - おお 古典的なやり方として、そのプロモーターとエンハンサーと推測している領域をふくむ5kbpをルシフェラーゼにつなぐというてがありますね。でその推定エンハンサー領域を潰すか削るかしてルシフェラーゼ活性が落ちるかどうかをみるといいかと思います。 ただし、このようなアッセーは染色体上の環境を無視していますからルシフェラーゼが動かないからといってエンハンサーとして働いてないというのは勇気が入りますね。 転写の研究は結構長い間離れてますので、もう少し新しい知識をおもちの方がコメントしてくれるといい方法が見つかるかもしれません。 できるかもしれないと思う実験はそのエンハンサーに結合するトランスファクター(転写因子)でChipアッセーすると、エンハンサーは基本転写因子と何らかの形で結合しているでしょうし基本転写因子はプロモーター(転写開始位置付近)に結合しているので、エンハンサー領域とプロモーター領域両方PCRで検出できるのではと思ったりもします。 あとその転写因子が脱メチル化に関与していれば、そのエンハンサーに結合することにより、その領域や下流のプロモーター領域付近までのメチレーションの解除が見れるかもしれません。ヒストンの修飾も同じようなことが期待できるかもしれませんね。 いずれにせよ、知っている知識の断片からの想像ですので、 一度ご自身でご確認ください。

(無題) 削除/引用 No.288-6 - 2009/04/08 (水) 09:25:12 - ＧＥ おお様 お返事遅くなりました。 詳しくは書けませんが、研究室で興味のあるエンハンサーがプロモーターから５ｋ離れたあたりにあるのですが、実際、これの機能の証明としてどういったアプローチをしようか考えている段階です。 そこで、アプローチの方法の参考として典型的な距離の離れたエンハンサーの解析方法とはどのようなものか知りたかったのです。 研究の第一段階なのでまだ漠然とした状態なのでこれくらいしか書けませんが、また何かあったら皆様お教えください。 おお様にいただいた情報をもとに、Pubmed等で一度調べてみます。

(無題) 削除/引用 No.288-5 - 2009/04/06 (月) 16:54:21 - おお ゲノムの中にあるものを調べるのですね。 もしかしたらルシフェラーゼアッセイのようなことも 考えているかもとおもいました。SV40が組み込まれているものを 使う手はないとはいえませんが、ゲノムの中のものであれば そういうのを選ぶのはちょっと不自然かもしれません。 可能性があるシスエレメントを上げただけですので、ちょっと 具体例は覚えている範囲ではいっとだせませんが、、、 有名なものを挙げたつもりなのでパプメッドでタイトルにその単語 があるレビューをひくとかUnigene?gene card?みたいなところから十分情報が 得られると思います。わたしも時間があればみてみますが、、、 あともう少し思いましたがSTATのシスエレメントだとSTATはサイトカインで 活性化されるので、結構幅広く血球けいの細胞でうごくのでは とおもえます。あとTGFーΒの下流のSMADというのもありましたね。 刺激依存性のものがおおいので、使えるかどうかわかりませんが、、、 ところでもう少しだけ示せる範囲で何を求めてるかかけば少し 突っ込んだ回答をおもちの方もいらっしゃるのではと思いましたが どうでしょうか、、、多分結構意識して慎重に書いている 印象はありますが。 あと3ー10kbは結構見つけるの難しいかもしれません、、、 見つかっているケースはあると思いますが、、、、

(無題) 削除/引用 No.288-4 - 2009/04/06 (月) 16:30:42 - GE おお様 迅速な意見ありがとうございます。また、いつもおお様の知識の広さには感服いたします。 初歩的な質問で申し訳ないのですが、ＳＶ４０はウイルスですよね。ということはこれがあらかじめゲノムに組み込まれた細胞を使用するということでしょうか？ また、もし血球系での論文等がありましたらお教えください。

(無題) 削除/引用 No.288-3 - 2009/04/06 (月) 15:50:06 - おお SV40のエンハンサーではダメでしょうか、、、よく調べられていて、プロモーター領域 から離れていても、向きが逆でも機能したと思いますけど。 あと血球系だとNFkBとかNFATとかのcisエレメントでしょうか、、 血球以外だとMyoDとかNeuroDなど、 あ、mybっていうのもありましたね、血球系で働くやつで。。。 p53の結合モチーフもエンハンサーになりえます。

続き 削除/引用 No.288-2 - 2009/04/06 (月) 14:54:11 - GE 書き忘れていましたが、望んでいるエンハンサーとしては、 １、３−１０Ｋ程プロモーターから距離の離れたもの。 ２、免疫系の細胞内で働く 物がいいです。情報をお待ちしています。

有名なエンハンサー 削除/引用 No.288-1 - 2009/04/06 (月) 14:50:32 - GE 今度、転写制御機構の研究で、あるエンハンサー（マウスの遺伝子）について研究する予定です。 まずは、知識の吸収およびポジティブコントロールの作成として、哺乳動物でよく知られた（研究さえている）エンハンサーをモデルとして使用したいと考えています。 そこでお伺いしたいのですが、どなたかよく知られたボジティブコントロールになるようなエンハンサーをご存じないでしょうか？

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