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転写調節の研究法 トピック削除
No.344-TOPIC - 2009/04/17 (金) 03:42:44 - 教えて下さい
あるマイナーな遺伝子の発現がある病態で組織特異的に大きく変化することを先週偶然見つけました。今少し時間があって、ちょっと面白いので、どんな発現調節機構を調べてみようとおもいましたが、分子生物学は専門外でどっから手をつけていいかわかりません。ほとんど研究されてこなかったようなマイナーな遺伝子で、もちろん発現調節機構もわかっていません。ある遺伝子の発現がどのような転写制御因子で調節されているか知りたいときまずやってみる一番一般的な方法はなんでしょうか。プロモーターの上流の配列とかを精査して既知の応答配列に似た配列がないかどうか探すとかするのがいいのでしょうか。またそういう配列がないかどうかさがすのに使えるソフトとかそういうのはあるのでしょうか。
よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.344-3 - 2009/04/17 (金) 09:48:43 - 教えてください
ありがとうございました。これでやってみます。

(無題) 削除/引用
No.344-2 - 2009/04/17 (金) 09:35:49 - つん
TFSEARCHはいかがでしょうか?
プロモーター領域の塩基配列を入力すると転写因子が結合しそうな場所を教えてくれます。
http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCHJ.html

転写制御機構の解析は、ルシフェラーゼアッセイとゲルシフトアッセイ(EMSA)の組み合わせがメジャーだと思います。

転写調節の研究法 削除/引用
No.344-1 - 2009/04/17 (金) 03:42:44 - 教えて下さい
あるマイナーな遺伝子の発現がある病態で組織特異的に大きく変化することを先週偶然見つけました。今少し時間があって、ちょっと面白いので、どんな発現調節機構を調べてみようとおもいましたが、分子生物学は専門外でどっから手をつけていいかわかりません。ほとんど研究されてこなかったようなマイナーな遺伝子で、もちろん発現調節機構もわかっていません。ある遺伝子の発現がどのような転写制御因子で調節されているか知りたいときまずやってみる一番一般的な方法はなんでしょうか。プロモーターの上流の配列とかを精査して既知の応答配列に似た配列がないかどうか探すとかするのがいいのでしょうか。またそういう配列がないかどうかさがすのに使えるソフトとかそういうのはあるのでしょうか。
よろしくお願いします。

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