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免疫沈降のbinding buffer トピック削除
No.3472-TOPIC - 2010/11/04 (木) 11:10:59 - GJ
いつも拝見させていただき、勉強しております。

現在、骨格筋細胞のタンパク質の免疫沈降を行っています。
こちらで界面活性剤が反応には重要な因子だと聞き、試しにサンプル、抗体、ビーズを結合させるときに使うバッファーから界面活性剤を抜いてみました。そうしたところ非常にきれいなバンドが検出されました(IgGからは検出されず)。

そこで一つ気になるのは、界面活性剤無しでも論文に投稿したときに指摘されないかどうかです。

特に問題が無ければこのまま実験を進めようと思います。
(一応、界面活性剤ありのバッファーでも条件検討を行っています。)

ご存じの方がいらっしゃれば教えていただきたいです。
よろしくお願い致します。
 
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No.3472-4 - 2010/11/06 (土) 17:54:42 - ATGC
どんな方法であれIPがちゃんといけてるなら別に問題ないとおもう。あなたの研究目的と対象蛋白質に一番合った方法を使うのが一番よいのだから。蛋白質の研究では目的と対象に合わせたケースバイケースの対応はむしろ普通で、やってる事が理にかなっているなら常に人と同じような方法を使わないといけないということはないです。ただ界面活性剤を入れていないので、細胞内蛋白質のうち可溶化できていない(沈殿に行ってしまい、IPのサンプルに入ってこないもの)があるので、そちらに目的の蛋白質がどのくらい行ってしまっているかはウェスタンで一応確認した方がいいね。細胞内のどのくらいの割合の目的物を対象にIPしているかという事は把握しておくことは大事とおもうから。

(無題) 削除/引用
No.3472-3 - 2010/11/05 (金) 03:13:24 - おお
バッククランドやノンスペではないことを示すコントロールがあれば
大丈夫です。ゆいつそれでも指摘が来るなら経験上同様のことを
やってもうまく行かなかったという時かもしれませんが、
全く一緒ということもなかなかないだろうともおもえます。

マンマルの細胞のライセートは界面活性剤を使うことが
可也定着しちゃってますが、デタージェントフリーで
タンパクを扱うとこは結構やられています。

(無題) 削除/引用
No.3472-2 - 2010/11/04 (木) 21:45:57 - A
問題は界面活性剤をバッファーに入れなければならないかどうか
よりもちゃんと理にかなったコントロールが示されているかどうか
ではないでしょうか。たとえ界面活性剤を含むバッファーを使ったと
してもちゃんと必要なコントロールが示されていなければ指摘を
受けるでしょうし、界面活性剤の入っていないバッファーを使ったと
してもちゃんと必要なコントロールが示されていれば問題ないはず
ですよね。界面活性剤無しできれいなバンドが得られるのには特別な
理由があるかもしれませんがちゃんと再現性があれば問題ないはずです。

免疫沈降のbinding buffer 削除/引用
No.3472-1 - 2010/11/04 (木) 11:10:59 - GJ
いつも拝見させていただき、勉強しております。

現在、骨格筋細胞のタンパク質の免疫沈降を行っています。
こちらで界面活性剤が反応には重要な因子だと聞き、試しにサンプル、抗体、ビーズを結合させるときに使うバッファーから界面活性剤を抜いてみました。そうしたところ非常にきれいなバンドが検出されました(IgGからは検出されず)。

そこで一つ気になるのは、界面活性剤無しでも論文に投稿したときに指摘されないかどうかです。

特に問題が無ければこのまま実験を進めようと思います。
(一応、界面活性剤ありのバッファーでも条件検討を行っています。)

ご存じの方がいらっしゃれば教えていただきたいです。
よろしくお願い致します。

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