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Mascotのデータ、peptide配列の点の意味 トピック削除
No.3523-TOPIC - 2010/11/15 (月) 16:35:11 - NF
初歩的な質問で申し訳ありません。
マス解析の結果に関して、わからない点があるのですが、Mascotというソフトの結果(Mascot Search Results)でヒットしたペプチドの結果が、
X.YYYYYYY.X
みたいな感じで、表示されています。
一方、同じ画面上にある全アミノ酸配列のうち、<Matched peptides shown in Bold Red>に対応する部分はYだけであり、Xが含まれていません。
この点およびXの部分はどういった意味があるのでしょうか?
担当者に聞くのが一番なのですが、出張でいないためにお聞きしました。ご存知の方、お教えいただけますでしょうか?
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.3523-3 - 2010/11/18 (木) 17:51:51 - NF
Kanataさま
不明瞭な質問にもかかわらず、回答していただきありがとうございます。Kanataさまの回答は、まさに欲しい回答ずばりです。
初歩的な質問に時間を割いて頂き、どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.3523-2 - 2010/11/18 (木) 16:11:32 - Kanata
何を指しているのかちょっと不明瞭なんですが、「多分これのこと?」という予想で。

. と.の間が得られた配列です。書き直すと、X.ABCDEFG.Yだとします。トリプシン消化の場合はX, Yがリジンかアルギニンになるはずです。
" .が酵素によるCleavage site”ということです。

・・・という内容を質問されたかと思うんですが、もし的外れだったら実際の例を挙げてみてください。ペプチド1本では、(よほど特殊でない限り)蛋白質は想定難しいですから。

Mascotのデータ、peptide配列の点の意味 削除/引用
No.3523-1 - 2010/11/15 (月) 16:35:11 - NF
初歩的な質問で申し訳ありません。
マス解析の結果に関して、わからない点があるのですが、Mascotというソフトの結果(Mascot Search Results)でヒットしたペプチドの結果が、
X.YYYYYYY.X
みたいな感じで、表示されています。
一方、同じ画面上にある全アミノ酸配列のうち、<Matched peptides shown in Bold Red>に対応する部分はYだけであり、Xが含まれていません。
この点およびXの部分はどういった意味があるのでしょうか?
担当者に聞くのが一番なのですが、出張でいないためにお聞きしました。ご存知の方、お教えいただけますでしょうか?

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