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リン酸化タンパク質の濃縮について トピック削除
No.3539-TOPIC - 2010/11/17 (水) 21:04:59 - ken
続けざまにトピを立ててしまい申し訳ありません。

現在、二次元電気泳動のためのリン酸化タンパク質の濃縮法を検討しており、
コスト面や精度などから、IMAC法やMOC法で精製しようと考えています。

そこで、良いキットや手法などをご存知の方がおられましたら
ご教授のほどを宜しくお願いします。
 
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追記です 削除/引用
No.3539-12 - 2010/11/19 (金) 20:12:40 - ken
すみません、kanataさんの名前を間違えていました…

参考までに、おおまかには下記のようなプロトコルがいいのではないかと
考えました。ちなみに2-DEのサンプル調整に使っているプロトコルです。


サンプル:植物組織(10-50 mg)
|
|---液体窒素でサンプルを破砕し、10倍量の破砕バッファー(Tris-HCl等)
|  を加え、遠心
|---上清に等量のフェノールを加え、遠心
|---中間層のタンパクをフェノールごと吸う
|---5倍量の0.1 M 酢酸アンモニウム/MeOHを加え、低温(−20℃)に5時間位
|  おく
|---遠心し、ペレットを0.1 M 酢酸アンモニウム/MeOHで洗浄(2-3回行う)
|---80% アセトンでペレットを洗浄
|---遠心し、液を捨て、乾燥させる
|
phos-tag agaroseまたはHAMMOC等のバッファーに溶かし、カラムにかける


実際に行われているプロトコルや、これよりも良いと思われるプロトコルが
ありましたらご教授のほどをお願いします。
また、このプロトコルの問題点や改善点などがありましたらご指摘のほどを
宜しくお願いします。

ありがとうございます! 削除/引用
No.3539-11 - 2010/11/19 (金) 19:52:56 - ken
stuさん、Actiasさん、葉さん、かんたさん、みさん
貴重な情報をありがとうございます。

phostag-agaroseについて、私も以前に使ったことがあります。

私は植物を扱っており、そのときは知識不足であったため、
動物細胞用のスタンダードプロトコルを使って精製しました。

そして精製後に泳動し、Pro-Q Diamondでリン酸化タンパクの染色を行い、
濃縮が行われたことを確認しました。
しかし次にSYPRO Rubyで全タンパクを染色したときに、案の定
リン酸化タンパク質に由来しない高いバックグラウンドが出てしまいました。

回収画分に色素が含まれていたことから、これは色素や糖などの夾雑物が
原因ではないかと考えています。

そこで質問なのですが、もし植物を対象にしたphostag精製の方法、または
これらの夾雑物の取り除き方をご存知の方がおられましたら
教えていただけないでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.3539-10 - 2010/11/19 (金) 19:36:55 - Kanata
み さん

そうですね、ボリュームが上がるのが難点ですね>カラム
その点、磁気ビーズにコーティングしたものは好都合なんですが、
果たして蛋白質でも効率よく濃縮できるかどうか。

(無題) 削除/引用
No.3539-9 - 2010/11/19 (金) 18:12:34 - み
>[Re:6] Kanataさんは書きました :
一般論ですが、バッチ法は回収率が悪いのです。溶出の際に完全に上清が除去できないのが原因かと思われます。最近ではそれを解消するために磁気ビーズにリン酸化ペプチドアフィニティ素材(金属ですね)をコーティングしたものを売っています。蛋白質で試したことはありませんが・・・

Kanataさんコメントありがとうございます。
溶出の際、volumeが大きくなるのを避けたいのです。
通常の(おそらくリン酸バッファー)溶出bufferの代わりにSDS sample bufferでやってみようかなあ。そうすると非特異的にアガロースに吸着した蛋白のコンタミ率も上がるのでしょうが・・・。

(無題) 削除/引用
No.3539-8 - 2010/11/19 (金) 18:07:27 - み
> バッチ法でIPのように使っておりました。カラムで行ってないので比較はできませんが、少なくとも私の目的にバッチ法で問題はありませんでした。
>

stuさん
バッチ法で可能とのコメントありがとうございます。
ちなみに、
過去トピで開発者本人が登場されていたような記憶があります。

(無題) 削除/引用
No.3539-7 - 2010/11/19 (金) 17:38:24 - stu
>[Re:5] みさんは書きました :
> >[Re:2] stuさんは書きました :
> > phostag-agaroseがお勧めです。
> > ライセートからリン酸化タンパク質だけを結合して、とっておりました。
>
> 話が横にそれますが、多くのこの手の製品はカラムに詰まっている(または詰めて)使用すると思うのですが、phos-tag-agaroseは樹脂懸濁液として販売されている点で興味を持っています。理論的にはバッチ法で使用可能だと思いますが経験された方おられますか?
> 両者で結果(S/N比や収量など)に違いがあるとか教えていただけると幸いです。

バッチ法でIPのように使っておりました。カラムで行ってないので比較はできませんが、少なくとも私の目的にバッチ法で問題はありませんでした。


>[Re:4] 葉さんは書きました :
> phostag,あんまりうまくいきませんでした。
> が、周りの評判はすこぶるいいので、ダメだった理由は
> 条件検討も大してしてない自分のせい&サンプルがイマイチだったんだと思います。


確かに条件検討をちゃんとしないと全くうまくいきません。phostag-アクリルアミドも使いましたが、初めは全くうまくいかず、「使えねぇ」とおもっておりました
例えばphostag-agaroseの場合は、細胞を回収するまえにPBSで洗わってはいけないとか(リン酸がコンタミする)。
ちゃんと原理を理解して、バッファー類をそろえてやればできました。

メーカーの回し者みたいになっちゃいましたけど、せっかく日本発の良い商品だと思うので、日本の研究に役立てばいいと思います。
メーカーも売りにしているみたいなので、わからないことはメーカーに聞くとキッチリ答えてくれました。

というか以前にこのフォーラムに登場していたような。

(無題) 削除/引用
No.3539-6 - 2010/11/19 (金) 17:02:30 - Kanata
み さん


> 話が横にそれますが、多くのこの手の製品はカラムに詰まっている(または詰めて)使用すると思うのですが、phos-tag-agaroseは樹脂懸濁液として販売されている点で興味を持っています。理論的にはバッチ法で使用可能だと思いますが経験された方おられますか?
> 両者で結果(S/N比や収量など)に違いがあるとか教えていただけると幸いです。

一般論ですが、バッチ法は回収率が悪いのです。溶出の際に完全に上清が除去できないのが原因かと思われます。最近ではそれを解消するために磁気ビーズにリン酸化ペプチドアフィニティ素材(金属ですね)をコーティングしたものを売っています。蛋白質で試したことはありませんが・・・

(無題) 削除/引用
No.3539-5 - 2010/11/19 (金) 16:44:49 - み
>[Re:2] stuさんは書きました :
> phostag-agaroseがお勧めです。
> ライセートからリン酸化タンパク質だけを結合して、とっておりました。

話が横にそれますが、多くのこの手の製品はカラムに詰まっている(または詰めて)使用すると思うのですが、phos-tag-agaroseは樹脂懸濁液として販売されている点で興味を持っています。理論的にはバッチ法で使用可能だと思いますが経験された方おられますか?
両者で結果(S/N比や収量など)に違いがあるとか教えていただけると幸いです。

(無題) 削除/引用
No.3539-4 - 2010/11/19 (金) 14:58:09 - 葉
phostag,あんまりうまくいきませんでした。
が、周りの評判はすこぶるいいので、ダメだった理由は
条件検討も大してしてない自分のせい&サンプルがイマイチだったんだと思います。
あと当時、二次元の画像解析ソフトが使えなかったため、
処理Aと処理Bの比較ができない(濃縮効率が同一かどうかわからない)
ことから諦めました。

(無題) 削除/引用
No.3539-3 - 2010/11/19 (金) 08:36:42 - Actias
こういうのがあります。
http://www.iab.keio.ac.jp/jp/content/view/325/141/
セミナーで質問したのですが、ペプチドでなく蛋白質なら結構難しいそうです。
ぼくは大腸菌内でリン酸化させた組換えタンパクの濃縮をClontechのキットで試みましたが、ほとんど濃縮できませんでした。

キットが悪いというのではなく、キットのバッファーでは条件が合わなかったのだと思います。

取りこぼしがあるということです。

(無題) 削除/引用
No.3539-2 - 2010/11/18 (木) 21:49:50 - stu
phostag-agaroseがお勧めです。
ライセートからリン酸化タンパク質だけを結合して、とっておりました。

二次元電気泳動は行ったことありませんが、問題ないはず。
コストは安くはなかったと思います。

リン酸化タンパク質の濃縮について 削除/引用
No.3539-1 - 2010/11/17 (水) 21:04:59 - ken
続けざまにトピを立ててしまい申し訳ありません。

現在、二次元電気泳動のためのリン酸化タンパク質の濃縮法を検討しており、
コスト面や精度などから、IMAC法やMOC法で精製しようと考えています。

そこで、良いキットや手法などをご存知の方がおられましたら
ご教授のほどを宜しくお願いします。

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