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マイクロアレイの解析 トピック削除
No.3632-TOPIC - 2010/12/07 (火) 10:21:15 - チップ初心者
 チップ解析初心者で、かつ、解析は外注に任していましており、チップ解析の解釈について、皆さんの意見を伺えればと思い、書き込みさせて頂きました。

 マイクロアレイの解析で発現の変動が見られた遺伝子数を調査する際、1遺伝子に対し、複数のプロープが存在しているかと思います。

 例えば、a遺伝子に対するプローブ3つがピックアップされました。皆さんは、この際、変動遺伝子を1としますか、3としますか?

 外注先の結果を見ますと、変動遺伝子を3と捉え、解析しているようです。しかし、このような解釈では、例えば、極端な話、例えば、変動遺伝子が50あったとして、プロープが3つずつあったとしましたら、150遺伝子が変動したということになります。これでよいのでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.3632-2 - 2010/12/07 (火) 11:29:53 - み
論文でも書き方次第、表現の仕方次第だと思います。
厳密に表現しようと思えばprobeとgeneを区別できますね。

しかし、単純化してProbe=Geneとしてもreviewerからは文句言われたことないです。

マイクロアレイの解析 削除/引用
No.3632-1 - 2010/12/07 (火) 10:21:15 - チップ初心者
 チップ解析初心者で、かつ、解析は外注に任していましており、チップ解析の解釈について、皆さんの意見を伺えればと思い、書き込みさせて頂きました。

 マイクロアレイの解析で発現の変動が見られた遺伝子数を調査する際、1遺伝子に対し、複数のプロープが存在しているかと思います。

 例えば、a遺伝子に対するプローブ3つがピックアップされました。皆さんは、この際、変動遺伝子を1としますか、3としますか?

 外注先の結果を見ますと、変動遺伝子を3と捉え、解析しているようです。しかし、このような解釈では、例えば、極端な話、例えば、変動遺伝子が50あったとして、プロープが3つずつあったとしましたら、150遺伝子が変動したということになります。これでよいのでしょうか?

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