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アミノアジピン酸 トピック削除
No.3682-TOPIC - 2010/12/14 (火) 18:05:34 - iiYeast
以前に質問させて頂き、いろいろなご助言を頂いて感謝しております。

またまた、困った事が発生しまして、初歩的な質問ですが、どうぞ宜しくお願いいたします。

現在、LYS5を栄養マーカーに使用しており、LYS5を欠損したクローンを単離しようと考えております。
そこで、αーアミノアジピン酸で選択をかけようと思い、寒天培地を作ろうとしました。
まず、αーアミノアジピン酸(Wako L-2-アミノアジピン酸)の5%溶液を作ろうとして、単なるH2Oにいれて、その後、テキストに従い、KOHでpHを6にしましたが、全く溶解しません。
こんな状況で使っていいのでしょうか?
それともザイモリエースのように完全に溶けないけれど、使用できるような感覚でよいのでしょうか?


また、濃度は2mg/mlで行おうと思っていますが、これも株により幅を持たせた方がいいのでしょうか?

この選択法はどの位、有効であるのか、ご経験がある方がみえましたら教えてください。

どうぞ宜しくお願いいたします。
 
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溶解しました! 解決済み 削除/引用
No.3682-17 - 2010/12/17 (金) 22:09:52 - iiYeast
皆さん

DL-アミノアジピン酸が昨日注文して、本日届いたので、早速試してみました。

初めに少量の水で溶解し、KOHでpHを上げたら、入れすぎて一旦pH11くらいまで、上昇してしまいましたが、完全に溶解しました。その後、pHが下がらなかったので、アミノアジピン酸を追加して、溶解最終的には、pH6.0で溶解しました。

結果的には、L体ではなく、DL体を使えばよかったということになりました。


何度も調べて書き込んで頂いた~さん、調べたりご経験を書いて頂いたAAさん、そして、ご意見を頂いた中年さんに感謝いたします。
本当にありがとうございました。

一旦解決にさせて頂きますが、また、何かの折にはどうぞ宜しくお願い致します。

(無題) 削除/引用
No.3682-16 - 2010/12/16 (木) 13:41:46 - ~
Yeast protocolsだとL体と書かれていますね。
有効な濃度を調べるのには結構幅を振ったほうがいいのかもしれませんね。


溶解性について気になったので検索してみましたが、
酒石酸でDL体とL体のみで溶けやすさが変わる場合があるようです。http://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%85%92%E7%9F%B3%E9%85%B8

上記のリンクで書かれている
”水への溶解は、L体、D体、メソ体はよく溶けるが、ラセミ体は比較的溶けにくい。”
というのが、溶ける速度なのか最終的な飽和濃度なのかがよく分かりません。
その上、ラセミ体の方が溶けにくいという今回とは逆の話ですが、一応L体、DL体では”溶けやすさ”が変わることはあるようですね。

そのため、AAAのL体とDL体で溶かした場合に溶けやすさが変わるというのも、あり得ることなのかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.3682-15 - 2010/12/16 (木) 12:55:38 - 中年
L体とDL体で溶解度が違うということはないのでは?

また、代謝中間体の毒性アナログということのようなので、DL体の比活性(毒性)はL体の半分になるでしょうね。

(無題) 削除/引用
No.3682-14 - 2010/12/16 (木) 12:39:17 - iiYeast
AAさん

大変失礼しました。穴があったら入りたいです。

見ず知らずの私のために、いろいろな本や文献を見て頂いて、本当に感謝いたしております。
また以前にされたご経験の事も教えて頂いて、大変参考になります。先ほど、シグマのDL体を注文しましたので、届きましたら、早速、試してみようと考えています。
また、何かお気づきになられた事がありましたら、教えて頂けると嬉しいです。

どうぞ宜しくお願いいたします。


~さん
間違いを指摘してくださって有り難うございました。

(無題) 削除/引用
No.3682-13 - 2010/12/16 (木) 11:39:29 - ~
私じゃないですよ。

(無題) 削除/引用
No.3682-11 - 2010/12/16 (木) 10:33:35 - iiYeast
~さん 

本当にご親切にして頂き有り難うございます。
周りに酵母を扱っている人が全くおらず、アミノアジピン酸も使った人がなく、困っていました。

DLよりLの方がより精製されていてよいのかと思っていましたが、DL体を早速購入してやってみます。

~さんには本当に感謝、感謝です。有り難うございます。

(無題) 削除/引用
No.3682-10 - 2010/12/15 (水) 21:33:46 - AA
酵母遺伝子実験マニュアルって、CSHLのMethods in Yeast Geneticsというマニュアル本の和訳だったと思います。

手元に1990年と1997年の版があったので見てみましたら、水に溶かしてKOHでpH6にあわせるとなっていました。リファレンスとしてPMID 17248969とPMID 3921525の文献があったので、これを見ても同様の表記でした(論文ではDL体を使ったとあります)。

かなり昔に作った覚えでは、KOHをかなり大量に入れたように思います。2gのAAと40mlの水に5N KOHを2.9mlくらい入れたとの書き込みがマニュアルに残ってました(ほんとにこんなに入れたのか記憶が定かでないのですみません)。

(無題) 削除/引用
No.3682-9 - 2010/12/15 (水) 16:36:39 - iiYeast
~さん 本当に有り難うございます。

塩類のことも調べて頂いて感謝しております。

イラストレイテッドに正誤表がでているとは、知りませんでした。
早速、プリントアウトして見ております。

列挙していただいたうちの
3)は試してみましたが、KOHでpH を上げようとしたら、析出してしまいました。
2)は試していないのですが、40℃で若干溶解 といった情報をえましたが、あまり溶解しないとのことでした。
1)これについては、情報がないのですが、あるかもしれません。


~さんがご推測される様に、書かれていない行程があるのかと思い、論文を探しておりますが、なかなか、適当なものがみつかっていない状況です。

(無題) 削除/引用
No.3682-8 - 2010/12/15 (水) 12:35:41 - ~
>ナトリウム塩のものが見当たらなかったのですが、もっと、探せば、あるのでしょうか?
たとえ話です。多分市販品では存在しないと思います。塩酸塩も売っていなさそうです。

http://www.shujunsha.co.jp/book/4-87962-/errata/265-6_owabi.html
の訂正には含まれていませんし、
Yeast protocols: methods in cell and molecular biology 著者: Ivor Howell Evans
にも、水に溶かすと書いてありますね。

ただ、酵母の研究を行なうときだけ、溶けない試薬が溶けるようになるというのはありえないでしょう。
溶解性が全然足りないので、超音波を掛けても無駄でしょう。

可能性がありそうなのは、@試薬のグレードが昔の時代のもので、それだと溶ける。A実は温度を上げて溶かしているが、書かれていない。B実は1N HClに溶かしてからKOHでpHをあわせて使用しているが、何故か溶媒が水と書かれている。位でしょうか。

(無題) 削除/引用
No.3682-6 - 2010/12/15 (水) 10:37:05 - iiYeast
~さん

有り難うございます。

出版されている酵母遺伝子実験マニュアル と バイオ実験イラストレイテッドを見ておりますが、どちらも水でKOHでpH6にあわせて溶解と書いてあります。濃度は、5%です。
もしや、出所は同じかも知れませんね。それで過った記載がされているのかも、、、

両者のマニュアルには、メーカー、型番などは全く書いてなく、α-アミノアジピン酸としか情報がありませんでした。
また、メーカーの方録をみても、ナトリウム塩のものが見当たらなかったのですが、もっと、探せば、あるのでしょうか?
(化学式や試薬の知識に自身がないので、教えて頂けると助かります。)

DL体の情報有り難うございます。DL体なら溶解するのかと思って、次はそれを購入しようかと迷っていましたが、溶解性に代わりがなければ、問題解決にならないですね。

(無題) 削除/引用
No.3682-5 - 2010/12/15 (水) 09:48:27 - ~
テキストの読み間違えか、テキストの間違えでは。

http://www.mpbio.com/detailed_info.php?family_key=02100425
これはDL体ですが溶解性は変わらないかと思います。
slightly soluble in water (1 g/450 ml)
と書かれて売られている物質を50g/Lの濃度で溶かすのは無茶でしょう。
たまたまかもしれませんが、1N HClでは50mg/mL = 5%で溶けると書かれていますね。

使用している試薬はテキストと同じ型番ですか?
例えば、テキストではナトリウム塩なのに、free acidを使っているなどであれば溶解性に違いがあってもおかしくないでしょう。

有り難うございます。 削除/引用
No.3682-4 - 2010/12/14 (火) 21:24:55 - iiYeast
~さん、早速の返信を有り難うございます。

そうなのです。何故H2Oかというところが解らないのです。
手持ちのテキストを2冊みましたが、両方とも水なのです。

希塩酸で溶解すると、培地のpHが酸性になってしまう事が、いけないのでしょうか。
(どの位pHが動くかわからないのですが、、、)

濾過滅菌をしたら、直ぐにフィルターに不溶性部分がトラップされてしまうと思うのですが、テキストにはやはり、濾過滅菌をして使う様に書いてあります。
という事は、全部溶けるのかと思って、私の試薬選択が間違っていたのかと心配になって、ここに書き込ませて頂きました。

なぜ水? 削除/引用
No.3682-3 - 2010/12/14 (火) 19:10:44 - ~
不適切な表現があったのでちょっと訂正。

ろ過滅菌したら不溶部分が取り除かれてしまいますが、
その溶けていない懸濁液は滅菌する必要が無いのでしょうか。

この物質は、塩酸溶液に溶けますよね。
それだと寒天が固まらないなどの悪影響が出てくるのでしょうか?

アミノアジピン酸 削除/引用
No.3682-1 - 2010/12/14 (火) 18:05:34 - iiYeast
以前に質問させて頂き、いろいろなご助言を頂いて感謝しております。

またまた、困った事が発生しまして、初歩的な質問ですが、どうぞ宜しくお願いいたします。

現在、LYS5を栄養マーカーに使用しており、LYS5を欠損したクローンを単離しようと考えております。
そこで、αーアミノアジピン酸で選択をかけようと思い、寒天培地を作ろうとしました。
まず、αーアミノアジピン酸(Wako L-2-アミノアジピン酸)の5%溶液を作ろうとして、単なるH2Oにいれて、その後、テキストに従い、KOHでpHを6にしましたが、全く溶解しません。
こんな状況で使っていいのでしょうか?
それともザイモリエースのように完全に溶けないけれど、使用できるような感覚でよいのでしょうか?


また、濃度は2mg/mlで行おうと思っていますが、これも株により幅を持たせた方がいいのでしょうか?

この選択法はどの位、有効であるのか、ご経験がある方がみえましたら教えてください。

どうぞ宜しくお願いいたします。

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