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細胞壁とエンドソーム トピック削除
No.3790-TOPIC - 2011/01/08 (土) 02:20:56 - Nao
続けての投稿で申し訳ないのですが、もう一つ質問があります。

ChIPのような核分画を必要とする実験において、細胞壁をNP40のようなマイルドな界面活性剤で破壊し、その後に遠心をかけることで核を単離する方法がとられることがあると思うのですが、このときに細胞壁と一緒に核は壊れないと思うのですが、エンドソームは壊れてしまうのでしょうか。
言い換えると、核膜を壊さないように細胞壁を破壊した場合、エンドソームは壊れてしまうのでしょうか。

ご意見を伺えれば幸いです。

自分が使っている細胞壁の破壊に使う溶液の組成は以下のとおりです。
Cell Lysis Buffer
5 mM PIPES pH 8.0
85 mM KCl
0.5% NP40
 
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(無題) 削除/引用
No.3790-5 - 2011/01/10 (月) 13:59:51 - か
種に関わらず、エンドソームは、遠心分画か密度勾配遠心での分離がよくとられる方法ですが、遠心の条件と、密度勾配のグラジエント、フラクショネーションが難しく、熟練した人とやらないとうまくいきません。

エンドソームのタンパク質に対する抗体で、エンドソームまるごとIPする方が楽かもしれません。
サイトゾルはIPの上清を超遠心すればいいとおもいます。(金粒子も沈殿するかもしれませんが)。

(無題) 削除/引用
No.3790-4 - 2011/01/08 (土) 15:44:55 - おお
お使いになる生物種を書いていただけませんか?
おそらく細胞壁でなく細胞膜だとおもいますが、、、
植物の壁であれば消化酵素を使うことが多いと思います。やらかい葉とかだとミキサーみたいなので、細胞小器官(ミトコンドリアとか)とるとかありますけど、核はよくわかりません。
マンマルの培養細胞であればデタージェントを使うこともありますが使わなくても核のたんりはできると思います。組織からだとちょっと厳しいこともあるかもしれません。
マンマルだとカリウムイオンはそんなに高い濃度を使うことはあまりないと思います。マクネシウムを1mM程度、場合によってはカルシウムを200uM程度加えたプロとコールが多いです。
PIPESは pKa 6.76で、pH8では緩衝能力よわいですけど、、、、なにかそれでもこの様に使う理由があるんでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.3790-3 - 2011/01/08 (土) 12:02:57 - AP
>細胞壁ということは酵母か植物でしょうか?
細胞膜と細胞壁を混同しているだけと見た。細胞壁はNP40では壊れないと思うが。

(無題) 削除/引用
No.3790-2 - 2011/01/08 (土) 11:15:57 - か
界面活性剤を入れるとエンドソームは壊れます。NP40はダメです。
細胞壁ということは酵母か植物でしょうか?
酵母では、エンドソームを単離した論文は非常に少なく、密度勾配遠心もとても難しいと言われています。
植物の方はあまり詳しくありません。

細胞壁とエンドソーム 削除/引用
No.3790-1 - 2011/01/08 (土) 02:20:56 - Nao
続けての投稿で申し訳ないのですが、もう一つ質問があります。

ChIPのような核分画を必要とする実験において、細胞壁をNP40のようなマイルドな界面活性剤で破壊し、その後に遠心をかけることで核を単離する方法がとられることがあると思うのですが、このときに細胞壁と一緒に核は壊れないと思うのですが、エンドソームは壊れてしまうのでしょうか。
言い換えると、核膜を壊さないように細胞壁を破壊した場合、エンドソームは壊れてしまうのでしょうか。

ご意見を伺えれば幸いです。

自分が使っている細胞壁の破壊に使う溶液の組成は以下のとおりです。
Cell Lysis Buffer
5 mM PIPES pH 8.0
85 mM KCl
0.5% NP40

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