3'端の1塩基でアリル特異的な増幅できる場合もある一方で、プライマー内に配列と一致しない場所いくつかあっても、PCRで増えることはあります。ネガコンだけプライマーダイマーが出る場合などがあるので、目的配列がないと変なものが増えやすいのかもしれません。
コンタミか、ミスプライミングかはっきりさせたければ、うっすらと出るバンドをかき集めて、クローニング＆シーケンスではっきりさせられます。ミスプライミングの場合GLUTさんがおっしゃったように、アニーリング温度を上げるか、マニュアルでホットスタート（最初のDNA変性時に酵素を加える、固形パラフィンで酵素の入ったプレミックスとプライマーを分けておいて高温時に溶解して混ざるようにする）コールドスタート（多分Takaraが提唱している、溶液混合を氷温で行い、あらかじめ変性温度にしたブロックに入れる）あるいはHotStart用の酵素を用いることで解消できるかもしれません。
原因探しに使う時間がないのであれば、トランスジェニック由来のバンドは検出できコントロールではバンドが見えなくなるまで、サイクル数を下げたらどうでしょうか？あるなし解析は閾値の問題ですし、アガロース泳動の感度では目に見えないエクストラバンドやスメアがごろごろしている場合もあります。
ンンノさんが言われたように、誰が使ったか分からないような環境でコンタミが起きることはたまにあります。コンタミであった場合PCR試薬にはフィルターチップを用いるか、チップのイジェクターを全て取り外し手で外させるようにするべきでしょう（RI実験でイジェクターでチップを雑に外すと頻繁に汚染します）。 もしPCR産物とゲノムDNAを同じピペットマンで扱っていたら危険なのでやめるのが一番ですが、最低フィルターチップは必須になります。 |
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