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植物ではないですが 削除/引用 No.3874-4 - 2011/01/25 (火) 14:06:48 - Boston-Pullman http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?command=start

感謝 削除/引用 No.3874-3 - 2011/01/25 (火) 13:36:33 - hiro 返事が遅くなりました。 ご教授ありがとうございます。 基本的には�@の方です。 具体的には植物を網羅的に検出可能と報告されている数種類のプライマー対を用いても増幅しなかった植物がありました。 抽出DNA中に存在するPCR阻害物質のせいなのか、元々その領域を持っていないのかが不明でした。 そこで、その植物特有の配列でプライマー対を設計したところ増幅可能であったため、PCR阻害物質の線は否定されましたが、増幅できなかった理由として領域がないことを確認したかった次第です。 ご教授いただいた方法で検討してみます。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.3874-2 - 2011/01/24 (月) 15:42:01 - ~ 求めているのは �@あるPCR増幅産物と高い相同性を持つ配列があるか？ 　（そのプライマーで増えるかどうかは別物） �Aあるプライマーの組合せで100%マッチする増えそうな領域があるか？ 　（増えた産物がもともと興味があったのと全く異なっていても構わない） のどちらなのでしょうか？ �@であれば、blastで対象種を設定して検索すればヒットするかと思います。 �Aであれば、Primer3PlusでソースDNA、プライマーの配列と条件を入力すれば、ヒットするものがあれば表示されるかと思います。 （ソースDNAの長さの上限があるのか見つけられませんでしたが、あれば分割が必要になります）

PCR増幅領域の検索 削除/引用 No.3874-1 - 2011/01/24 (月) 14:50:27 - hiro 初めて質問させていただきます。 また、いつも参考にさせていただいています。 ある特定のPCR増幅領域が、任意の生物のゲノムDNA上に存在するかどうかの検索方法はありますか？ 任意の生物のゲノムDNAが全てわかっており、GeneBank等に登録されているという前提でお願いします。

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