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RNAの凍結解凍について トピック削除
No.464-TOPIC - 2009/05/13 (水) 18:14:54 - プロテクト
表記の内容で、みなさまにお伺いしたく思います。

RNAを抽出し、ペレットをDEPC等で溶かし冷凍したものを、逆転写などのテンプレートとして使用可能なのは最大でどのくらいが限度か教えていただけないでしょうか。つまり何回までなら凍結解凍しても、cDNAのテンプレートとして使えるか、、ということです。

本来ならば、PCRチューブなどに小分けにして保存すればよいのでしょうが、どうしても保管スペースが限られてしまい、なかなか難しい状態でいます。

経験上一度凍結して、一回目のcDNA合成では特に分解したようなことはなかったのですが、これを2度、3度と繰り返すとそのうち物理的に裁断され、テンプレートとして使えなくなってしまう気がします。思いっきり初心者で恐縮ですが、、RNAの凍結解凍の限度について、ご存知の方がいらしたら教えてください、、、。
 
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No.464-5 - 2009/05/18 (月) 01:56:30 - RNA-later
RNAが多量に取れてそうなときは、エタチンの遠心前のRNAがもやもやした溶液から適当に取り分け、ペレットにして溶解し、使っていました。ノザンがきれいに出ていたので問題ないと思います。

エタチンでは心もとない少量で、なおかつキャリアも使いたくない場合は、1回使用量ずつ小分け凍結しても良いでしょう。この場合は−80度か液体窒素で保存していました。

長鎖cDNAをpolyT primerで逆転写したい場合は、抽出後直ちに逆転写反応をしたほうが良いでしょう。逆に言えばランダムプライマーを用いた短い断片のRT-PCRやpolyT primerと3'ESTの組み合わせは比較的RNAの断片化に耐えられます。

マイクロアレイなど下流の実験が高価な場合は使用前に電気泳動でリボゾームRNAの分解度を調べ、分解がひどい場合は再抽出を行ったほうがいいでしょう。

実験期間が長くサンプルをためなければならない場合はエタチンで止めておくか、組織または細胞をRNAlaterに入れ、脱水しておくことをお勧めします。ただしRNAlaterの効きの速さは組織の大きさや浸透度に依存することにご注意ください。

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No.464-4 - 2009/05/15 (金) 07:15:23 - *
エタ沈しておいて保存
使いたいときに水などに溶かして使用すれば解決。

初心者が最初から手を抜こうと考え無い方が良いと思います。

(無題) 削除/引用
No.464-3 - 2009/05/15 (金) 03:52:40 - ピペド
10回までならOKで、11回まではだめです。
と聞けば疑問に思いませんか?

適切に調製、保存すればそれなりに持ちます。
それなりを具体的に特定するのは困難です。

(無題) 削除/引用
No.464-2 - 2009/05/13 (水) 19:32:25 - Pumpkin
細かいですが
>ペレットをDEPC等で溶かし
DEPC処理「水」ですよね。

2-3度程度なら、経験上、適切に処理していれば問題にならないと思います。下流の実験が何か分かりませんが、出来るだけ長いcDNAをということであればだんだん問題は大きくなっていくでしょう。トピ主さんも分かっていながら聞いてしまうのでしょうが、こういうことに答えは無いでしょう。溶解して直ぐに必要量とり、直ちに急速冷凍したばあいや、氷上に実験が一息つくまでおいてから冷凍した場合などいろいろ考えられますし、RNAそのものの純度や溶液の状態も考慮しなくてはならず、とても「何回までOK」などという答えはだせるはずもありません。

基本はなるべくフレッシュなRNAを使うことです。冷凍さえしていれば、融解まで何年でも持つというものでもありませんから。慎重になるならば、毎回純度検定すればよいと思います。

RNAの凍結解凍について 削除/引用
No.464-1 - 2009/05/13 (水) 18:14:54 - プロテクト
表記の内容で、みなさまにお伺いしたく思います。

RNAを抽出し、ペレットをDEPC等で溶かし冷凍したものを、逆転写などのテンプレートとして使用可能なのは最大でどのくらいが限度か教えていただけないでしょうか。つまり何回までなら凍結解凍しても、cDNAのテンプレートとして使えるか、、ということです。

本来ならば、PCRチューブなどに小分けにして保存すればよいのでしょうが、どうしても保管スペースが限られてしまい、なかなか難しい状態でいます。

経験上一度凍結して、一回目のcDNA合成では特に分解したようなことはなかったのですが、これを2度、3度と繰り返すとそのうち物理的に裁断され、テンプレートとして使えなくなってしまう気がします。思いっきり初心者で恐縮ですが、、RNAの凍結解凍の限度について、ご存知の方がいらしたら教えてください、、、。

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