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植物のバイサルファイトPCRについて トピック削除
No.564-TOPIC - 2009/05/27 (水) 17:16:47 - fu yu
植物のバイサルファイトPCRはなかなかうまくいきません。
PCR自体はかからなかったり、非特異的なバンドが増えたり、まだはプライマーダイマーができたりします。
ポジコンはきちんと増えるため、テンプレトーではなく、プライマーの設計に問題があると考えています。

そこで、植物のバイサルファイトPCRのプライマーを設計のコツを伺いたいです。

ちなみに、私が以下のことを注意してプライマーを設計します。
1、増殖領域を700bp以下にする。
2、両側のプライマーはできるだけCを避け、かつG含量をできるだけ同じようにする。
3、プライマー長さは35bp前後

以上で何か間違いや不足があれば是非教えてください。
 
 
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Nested PCR 削除/引用
No.564-2 - 2009/06/01 (月) 13:00:37 - epi
バイサルファイトPCRは基本的に増えづらいので、nested PCRはを行なってはいかがでしょうか?

植物のバイサルファイトPCRについて 削除/引用
No.564-1 - 2009/05/27 (水) 17:16:47 - fu yu
植物のバイサルファイトPCRはなかなかうまくいきません。
PCR自体はかからなかったり、非特異的なバンドが増えたり、まだはプライマーダイマーができたりします。
ポジコンはきちんと増えるため、テンプレトーではなく、プライマーの設計に問題があると考えています。

そこで、植物のバイサルファイトPCRのプライマーを設計のコツを伺いたいです。

ちなみに、私が以下のことを注意してプライマーを設計します。
1、増殖領域を700bp以下にする。
2、両側のプライマーはできるだけCを避け、かつG含量をできるだけ同じようにする。
3、プライマー長さは35bp前後

以上で何か間違いや不足があれば是非教えてください。
 

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